science >> Wetenschap >  >> anders

DNA geëxtraheerd in museummonsters kan genetische geheimen onthullen

Het protocol begint met Vortex Fluidic Device (VFD) behandeling van een mengsel van proteïnase K en het bevroren, dan opgebroken weefsel. Het reactiemengsel wordt vervolgens verwerkt om vaste stoffen en DNA-polymeraseremmers te verwijderen. Het teruggewonnen DNA wordt vervolgens gezuiverd en geconcentreerd. Eindelijk, het DNA wordt geamplificeerd, gekwantificeerd, en gekenmerkt door (B) qPCR en (C) DNA-sequencing van de monsters. Krediet:PLOS ONE

DNA in geconserveerde museumexemplaren kan wetenschappers in staat stellen de geschiedenis van soorten en de invloed van geesteswetenschappen op het ecosysteem te onderzoeken, maar monsters worden meestal bewaard in formaldehyde dat DNA kan beschadigen en het zeer moeilijk te herstellen is.

Onderzoekers hebben een vortex fluidic device (VFD) gebruikt om de DNA-extractie van een Amerikaanse kreeft die in formaldehyde is bewaard, te versnellen. De resultaten bieden een routekaart voor het onderzoeken van DNA van miljoenen waardevolle en zelfs uitgestorven soorten in musea over de hele wereld.

Flinders PHD-kandidaat Jessica Phillips zegt dat het verwerken van het geconserveerde weefsel van museumexemplaren in de VFD eiwitten afbreekt, het vrijgeven van DNA dat belangrijke historische genetische informatie biedt.

"DNA-extractie wordt bereikt door het geconserveerde weefsel te verwerken in een enzymoplossing in de VFD. Dit enzym breekt de eiwitten af, het vrijgeven van het DNA dat kan worden geanalyseerd. Door gebruik te maken van de VFD zijn we in staat om dit proces te versnellen van dagen naar uren, ’ zegt mevrouw Philips.

"Deze monsters zijn 150 jaar lang bewaard gebleven in formaldehyde, wat het DNA kan beschadigen en het DNA ook moeilijk kan herstellen. We gebruikten mechanische energie in een vortex fluidic device (VFD) om de extractie te versnellen door het geconserveerde weefsel te verwerken in een enzymoplossing in de VVD."

Dit werk is een samenwerking tussen de Universiteit van Californië, Irvine (UCI), De afdeling Organismische en Evolutionaire Biologie aan de Harvard University, en Flinders University.

Jessica Phillips met Vortex Fluidic Device aan de Flinders University. Krediet:Flinders University

Onderzoekers zeggen dat de resultaten een routekaart bieden voor het verkennen van DNA van miljoenen historische en zelfs uitgestorven soorten in musea over de hele wereld.

Onderzoeksvoorzitter van Clean Technology Research Professor Colin Raston zegt dat het werk voortbouwt op het lichaam van ongeveer 80 artikelen die zijn onderzoeksgroep heeft gepubliceerd over het vortex fluidic-apparaat.

"Toepassingen van de VFD breiden zich snel uit, maar dit is alleen mogelijk geweest door interne samenwerking. De DNA-extractietoepassing omvatte samenwerking met twee andere onderzoekslaboratoria onder leiding van professor Greg Weiss van de UCI en professor Peter Girguis van Harvard."

"We hebben alleen het oppervlak bekrast over wat er mogelijk is voor dit apparaat, "zegt professor Raston."