De massa van alle chlooratomen is niet altijd 35,47. Hoewel de atoommassa van chloor ongeveer 35,47 bedraagt, is deze waarde een gemiddelde van de massa's van alle natuurlijk voorkomende chloorisotopen. Chloor heeft twee stabiele isotopen, chloor-35 en chloor-37. Chloor-35 vormt ongeveer 75,78% van alle chlooratomen, terwijl chloor-37 ongeveer 24,22% uitmaakt. Chloor-35 heeft een atoommassa van ongeveer 34,969, terwijl chloor-37 een atoommassa heeft van ongeveer 36,966. De gemiddelde atoommassa van chloor, rekening houdend met de relatieve hoeveelheden van zijn isotopen, is ongeveer 35,47.

Hoewel de massa van de meeste chlooratomen bijna 35,47 bedraagt, zijn er daarom enkele chlooratomen die een iets andere massa hebben vanwege de aanwezigheid van verschillende isotopen.