Koraalriffen zijn de verkalkte zeestructuren gevormd door de exoskeletten van koralen en de drie belangrijkste soorten planten die interactie hebben met koraalriffen zijn algen, zeegrassen en mangroven, met de algen worden verdeeld in rode en groene variëteiten. Veel van deze zeeplanten profiteren van de koraalriffen. Koraalrif-ecosystemen bevatten ook een breed scala aan fauna en zijn enkele van de meest levendige ecosystemen op aarde.

Rode algen en koraalriffen

Een bepaald type rode algen, coralline-algen genoemd, kan een belangrijke rol bij het stimuleren van de stabiliteit van een koraalrif. Coralline-algen storten beschermend calcium in de celwanden en deze ingelaten algen werken samen om verschillende koralen aan elkaar te kleven, wat de structuur van het rif verbetert. Geniculate corallines hebben een ingelegde boomachtige structuur die enigszins flexibel is vanwege de aanwezigheid van een aantal niet-gecalcificeerde gebieden. Nongeniculaire koraalriffen zijn langzaam groeiende korsten die zich naast koralen kunnen hechten aan rotsen, schelpen, andere algen en zeegrassen.

Groene algen en koraalriffen

Groene algen vormen een andere groep van zeeplanten die zich hebben aangepast om te overleven op koraalriffen. In feite zijn koraal groene algen zo succesvol in bepaalde gebieden dat ze eigenlijk een bedreiging voor hun gastheren worden. Wanneer de relatie tussen een koraalrif en groene algen in balans is, groeien de algen op het rif en geven ze voedsel aan grazende vissen. Wanneer echter een grote toestroom van voedingsstoffen aankomt in de vorm van afvalwater aan de kust, raakt de algengemeenschap overladen, explodeert in omvang en vermindert bijgevolg de aanwezigheid van bacteriën die gunstig zijn voor de koralen terwijl de groei van schadelijke bacteriën wordt bevorderd.
< h2> Zeegras en koraalriffen

Als onderdeel van een belangrijke ecologische drie-weg interactie met koraalriffen en mangroven, hebben zeegrassen de neiging om te gedijen in kusthabitats. Wateren beschut van oceaangolven door koraalriffen laten zeegras wortel schieten, en in ruil daarvoor vertragen zeegrassen sedimenten en vangen sedimenten op, waardoor wordt voorkomen dat de sedimentbelasting in het water te hoog wordt voor koralen om te overleven. Zeegrasvelden kunnen verschillende soorten bevatten en bereiken alleen diepten die de eisen van de fotosynthese toestaan.

Mangroven en koraalriffen

Als zeegras bloeien mangroven als een resultaat van de bescherming tegen gewelddadige oceaan golven aangeboden door koraalriffen. Mangroven profiteren zowel van zeegrassen als van koraalriffen, voornamelijk door verzachting van kusterosie en daarmee te voorkomen dat schadelijke hoeveelheden sediment in kustwateren terechtkomen. Mangrovebossen fungeren ook als een bufferzone voor afvloeiing van vervuiling, met name voedselrijke riolering die het ecologische evenwicht van het koraalrif-zeegrasweide-mangrovebossenstelsel kan verstoren. De zeewortels van mangroven fungeren ook als kritische kwekerijen voor talrijke vissoorten in de kust.