Wetenschap
Gestandaardiseerde metadata voor biologische monsters zouden het potentieel van collecties kunnen ontsluiten
Vojtěch Brlík van het Departement Ecologie, Faculteit Wetenschappen, Charles Universiteit en het Instituut voor Vertebrate Biologie, Tsjechische Academie van Wetenschappen roept wetenschappers op om basisinformatie over biologische monsters (metadata) te delen om hun effectieve herbestemming in biologische disciplines te garanderen.
De oproep aan de wetenschappelijke gemeenschap, gepubliceerd in het tijdschrift Nature , is gebaseerd op de ervaring die is opgedaan bij het coördineren van de metadatarepository van het AviSample Network, die momenteel de metadata bevat van meer dan 35.000 monsters van bijna 500 vogelsoorten.
De wetenschappelijke gemeenschap heeft onderzoeksactiviteiten systematisch geoptimaliseerd, en er zijn een aantal initiatieven die dit doel actief nastreven. Het project onder leiding van Brlík duwt deze inspanningen nog verder:"Ons initiatief toont aan dat de beschikbaarheid en traceerbaarheid van basisinformatie over monsters (zogenaamde metadata) het potentieel heeft om wetenschappelijk onderzoek efficiënter te maken, financiële en menselijke hulpbronnen te besparen en onderzoeksteams te diversifiëren. op mondiaal niveau."
Hij voegt eraan toe:“Dit initiatief houdt zich niet bezig met de opslag van de fysieke monsters of de gegevens. We zijn alleen geïnteresseerd in basisinformatie over biologische monsters, simpel gezegd:wanneer, waar en hoe de monsters zijn verzameld en hoe ze worden bewaard. deze metadata zijn goedkoop, toepasbaar op mondiaal niveau en vergemakkelijken het gebruik van reeds verzamelde monsters, wat zowel de monstereigenaren als de onderzoekers die ze zullen gebruiken ten goede komt."
Het principe van het delen van metagegevens van monsters en het hergebruiken van bestaande monsters is in veel opzichten nuttig. Gecentraliseerde en gestandaardiseerde rapportage van metagegevens van monsters maakt het gemakkelijk om te zien welke monsters momenteel beschikbaar zijn, zonder communicatie met collega's of het kostbare verzamelen van nieuwe monsters.
Het delen van metagegevens zou daarom de wetenschappelijke activiteiten kunnen stroomlijnen, vooral in minder onderzochte gebieden die moeilijk toegankelijk zijn, en tegelijkertijd de belangrijke samenwerkingen met lokale wetenschappers kunnen versterken. Op dezelfde manier zou het rapporteren van metagegevens van voorbeelden wetenschappers helpen wier onderzoek zich richt op bedreigde diersoorten of op grote ruimtelijke schaal.
"Het oorspronkelijke idee voor dit initiatief ontstond tijdens mijn promotieonderzoek, toen ik op zoek was naar verenmonsters afkomstig uit een groot gebied ten zuiden van de Sahara. Ik had monsters van onze onderzoeksgroep, maar ik moest de dataset uitbreiden aanzienlijk.
“We schreven naar collega’s in Zweden en Zwitserland waarvan we vermoedden dat ze soortgelijke monsters hadden van andere locaties in Afrika. En gelukkig bleek dat ze die inderdaad hadden. Hoewel ze de monsters vooral voor een heel ander doel verzamelden, zijn we erin geslaagd om Met deze gezamenlijke inspanning kan een groot deel van de regio ten zuiden van de Sahara worden bestreken, wat niet mogelijk zou zijn geweest zonder samenwerking met collega's", zegt Brlík, die de oorsprong van het huidige project beschrijft.
In 2022 creëerden Brlík en een team van collega's (in het bijzonder Pavel Pipek van de afdeling Ecologie, Faculteit Wetenschappen, Charles University en Petr Procházka van het Institute of Vertebrate Biology van de CAS) de AviSample Network-metadatarepository. In deze database kunnen ornithologen nu metadata van vogelmonsters invoeren, dat wil zeggen waar, wanneer en hoe het monster is verzameld, van welke vogelsoorten en hoe deze monsters zijn opgeslagen.
De database bevat momenteel informatie over bijna 500 vogelsoorten en er zijn metadata voor meer dan 35.000 monsters beschikbaar. Het repository heeft een aantal ambassadeurs die betrokken zijn bij de verspreiding van het initiatief in hun regio's.
"Een van de voorbeelden van het herbestemmen van bestaande monsters, mogelijk gemaakt door het delen van metadata, is het B10K-project. Dit project heeft tot doel de genomen van alle 10.000 vogelsoorten in kaart te brengen, die de projectcoördinatoren voornamelijk uit musea verzamelen.
"Voor zeldzame soorten en soorten die voorkomen in onderbelichte gebieden (bijvoorbeeld de tropen) is het echter niet eenvoudig om monsters te verkrijgen. Het delen van metagegevens van monsters die zijn opgeslagen in de collecties van onderzoekers heeft het mogelijk gemaakt om bestaande monsters te gebruiken die in Afrika en Europa zijn verzameld, voor deze grote project op schaal", beschrijft Brlík.
In een correspondentie gepubliceerd in zijn artikel laat Brlík zien, waarbij hij het AviSample Network als voorbeeld gebruikt, dat het delen van metagegevens het hergebruiken van bestaande monsters in de collecties van onderzoekers vergemakkelijkt en dus een enorm potentieel heeft.
"Ik wil dit initiatief nemen en de perceptie op mondiaal niveau veranderen en laten zien dat het delen van voorbeeldmetagegevens het potentieel heeft om de efficiëntie van wetenschappelijke activiteiten in biologische disciplines te bevorderen", besluit Brlík.