Geografische isolatie is een cruciale factor bij soortvorming, omdat het barrières creëert die de uitwisseling van genen tussen populaties van dezelfde soort verhinderen. Wanneer populaties gescheiden zijn door geografische barrières, zoals bergen, rivieren of oceanen, kunnen ze zich niet kruisen. Na verloop van tijd kunnen deze geïsoleerde populaties genetisch uiteenlopen en reproductief geïsoleerd raken. Dit proces van allopatrische soortvorming is een belangrijk mechanisme voor de vorming van nieuwe soorten.

Er zijn talloze voorbeelden van geografische isolatie die tot soortvorming leidt. De Darwinvinken die Charles Darwin tijdens zijn reis op de HMS Beagle observeerde, zijn bijvoorbeeld een voorbeeld van allopatrische soortvorming. De verschillende soorten Darwinvinken weken af ​​van een gemeenschappelijke voorouder toen ze de verschillende eilanden van de Galapagos-archipel koloniseerden. Met geografische isolatie speelde natuurlijke selectie een belangrijke rol in de variaties die werden opgemerkt in hun lichaamsmorfologie, vooral binnen hun snavelstructuren, als reactie op specifieke ecologische niches die op elk eiland werden aangetroffen.

Geografische isolatie is echter geen absolute vereiste voor soortvorming. Sympatrische soortvorming en parapatrische soortvorming zijn twee verschillende soortenvormingsprocessen die kunnen optreden bij afwezigheid van volledige geografische isolatie.