Of biologische landbouw goed of slecht is voor de natuur hangt af van de alternatieve landbouwmethode. Vergeleken met conventionele landbouw kan biologische landbouw de natuur enorm ten goede komen. Biologische landbouwpraktijken verminderen bijvoorbeeld over het algemeen het gebruik van synthetische pesticiden en meststoffen, die wilde dieren kunnen vergiftigen en waterwegen kunnen vervuilen. Bovendien omvat biologische landbouw vaak vruchtwisseling en bodembedekking, waardoor diverse leefgebieden voor wilde dieren kunnen ontstaan. Bovendien kan biologische landbouw helpen de bodemkwaliteit te behouden, erosie te verminderen en de waterkwaliteit te verbeteren, wat allemaal gunstig is voor de natuur.

Als het alternatief voor biologische landbouw echter een duurzamere of natuurvriendelijkere landbouwpraktijk is, is biologische landbouw mogelijk niet zo voordelig. Sommige agrobosbouw- of permacultuurpraktijken kunnen bijvoorbeeld grotere voordelen opleveren voor wilde dieren dan biologische landbouw. Uiteindelijk zullen de beste landbouwpraktijken voor wilde dieren afhangen van de specifieke context en locatie.