"Er zijn drie doden gemeld in de stad Zhaoqing, terwijl de overige een reddingswerker is in de stad Shaoguan", meldde staatspersbureau Xinhua, daarbij verwijzend naar de lokale autoriteiten.
Tien anderen blijven vermist terwijl zoek- en reddingsacties in het gebied doorgaan, zei Xinhua.
China is geen onbekende in extreem weer, maar de afgelopen jaren werd het land getroffen door ernstige overstromingen, ernstige droogtes en recordhitte.
Volgens Xinhua zijn meer dan 110.000 mensen overgeplaatst naar Guangdong.
Daarvan werden ruim 45.000 mensen geëvacueerd uit de noordelijke stad Qingyuan, die aan de oevers ligt van de Bei-rivier, een zijrivier in de bredere Parelrivierdelta, zo meldden staatsmedia zondag.
Er wordt verwacht dat er maandag nog zware regen zal vallen, waarbij meteorologische autoriteiten "onweersbuien en harde wind in de kustwateren van Guangdong" voorspellen - een stuk zee dat grenst aan grote steden als Hong Kong en Shenzhen.