Schimmels zijn een groep micro-organismen die in een afzonderlijk koninkrijk zijn ingedeeld dan planten en dieren. Ze worden overvloedig aangetroffen in een groot aantal omgevingen en leven een onafhankelijk, afhankelijk (parasitair) of wederzijds voordelig bestaan. Schimmels zijn van vitaal belang om de goede werking van het ecosysteem te handhaven door dode materie te laten vervallen en essentiële voedingsstoffen in de bodem en in de atmosfeer vrij te maken.

Saprophytic Fungi

Saprophytic fungi (of decomposers) zijn de grootste groep van bodemlevende schimmels. Ze zetten dode en /of rottende stoffen om in organische zuren, koolstofdioxide en biomassa van schimmels (of hun eigen lichaam). Ze ontleden harde organische stoffen, zoals hout, door de voedingsstoffen te verbruiken en deze in de grond te immobiliseren. Saprofytische schimmels zijn in staat cellulose af te breken, lignine (waarvan de afbraak essentiële koolstof afgeeft die door veel organismen wordt gebruikt) en eiwitten. Ze zijn meestal te vinden rond dode dieren, insecten, bladeren en omgevallen bomen. Voorbeelden van saprofytische schimmels zijn Pleurotus ostreatus (oesterzwam), Lentinula edodes (shiitake) en Stropharia rugosoannulata (koning Stropharia).

Mutualisten schimmels

Mutualisten zijn een groep schimmels die wederzijds voordelige relaties vormen (relaties die beide soorten ten goede komen) met planten. Ze groeien meestal op de wortels van planten en helpen hen voedingsstoffen (zoals fosfor) uit de grond te halen. Mycorrhiza-schimmels zijn een groep mutualisten die groeien in de wortels van planten. Er zijn vier hoofdgroepen van mycorrhiza-schimmels, waaronder orchidee, ericoïde, ectomycorrhiza en arbusculair. Bijna 90 procent van alle planten vormt een wederzijds voordelige associatie met mycorrhiza-schimmels. Voorbeelden van mutualisten zijn schimmels van de families Zygomycota en Basidiomycota.

Pathogene schimmels

Pathogene schimmels dringen een waardplant binnen en ontbinden de levende materie. Ze ontdoen hun gastheren van essentiële voedingsstoffen, waardoor de plant verzwakt en uiteindelijk sterft. Pathogene schimmels komen een plant binnen via de buitenhuid (epidermis) of door te groeien in de huidmondjes (ademhalingsgaten). Ze infecteren een plant en laten deze sterven of laten leven terwijl ze vitale voedingsstoffen uit de levende plant stelen. Plantenziekten die worden veroorzaakt door schimmels in de bodem, zijn bodemrot, zwarte vlek, kanker, roest, Rhizoctinia-ziekte, wortelrot en aardappelwrat. Pathogene bodemschimmels worden vaak aangetroffen aan het begin van het teeltseizoen. Voorbeelden van pathogene schimmels zijn Pythium, Rhizoctonia, Phytophthora en Verticillium.