Wetenschap
Elke stip wordt gevormd door de constructieve interferentie van röntgenstralen die door een kristal gaan. De gegevens kunnen worden gebruikt om de structuur van het kristal te onderzoeken. Krediet:M. Grabowski et al.
De reproduceerbaarheid van gepubliceerde experimentele resultaten heeft onlangs de aandacht getrokken in veel verschillende wetenschappelijke gebieden. Het gebrek aan beschikbaarheid van originele primaire wetenschappelijke gegevens vormt een belangrijke factor die bijdraagt aan reproduceerbaarheidsproblemen, echter, de structurele biologiegemeenschap heeft belangrijke stappen gezet om experimentele gegevens beschikbaar te maken.
Macromoleculaire röntgenkristallografie heeft het voortouw genomen in het vereisen van de openbare verspreiding van atomaire coördinaten en een schat aan experimentele gegevens via de Protein Data Bank (PDB) en soortgelijke projecten, waardoor het veld een van de meest reproduceerbare in de biologische wetenschappen is.
De IUCr heeft in 2011 de Diffraction Data Deposition Working Group (DDDWG) opdracht gegeven om de voordelen en haalbaarheid te onderzoeken van het archiveren van onbewerkte diffractiebeelden in kristallografie. Het driejaarlijkse rapport van de DDDWG 2011-2014 deed een aantal belangrijke aanbevelingen met betrekking tot het bewaren van ruwe diffractiegegevens. Echter, er blijft geen mandaat voor openbaarmaking van de originele diffractiegegevens.
De Integrated Resource for Reproducibility in Macromolecular Crystallography (IRRMC) maakt deel uit van het Big Data to Knowledge-programma van de National Institutes of Health en is ontwikkeld om onbewerkte gegevens van diffractie-experimenten te archiveren en, even belangrijk, om gerelateerde metadata te verstrekken. De databank [Grabowski et al. (2016). Acta Cryst. D72, 1181-193, DOI:10.1107/S2059798316014716], bevat op het moment van schrijven 3070 macromoleculaire diffractie-experimenten (5983 datasets) en de bijbehorende gedeeltelijk samengestelde metadata, goed voor ongeveer 3% van alle deposities in de Protein Data Bank. De bron is toegankelijk op http://www.proteindiffraction.org en kan worden doorzocht met behulp van verschillende criteria via een eenvoudige, gestroomlijnde interface. Alle gegevens zijn beschikbaar voor onbeperkte toegang en download. De bron dient als een proof of concept en toont de haalbaarheid aan van het archiveren van ruwe diffractiegegevens en bijbehorende metagegevens van röntgenkristallografische studies van biologische macromoleculen.
Praten met een verslaggever over het project, teamleider Wladek Minor zei:"Er is zoveel onderzoek gaande dat het niet allemaal gepubliceerd kan worden, en vaak verschijnen de resultaten van mislukte onderzoeken niet in de literatuur. Ik denk dat de sleutel tot succes is om te weten over mislukte experimenten, we willen weten waarom ze falen".
Het doel van het project is om de IRRMC uit te breiden en datasets op te nemen die geen röntgenstructuren opleverden. Dit zou gezamenlijke inspanningen kunnen vergemakkelijken om methoden voor het bepalen van de eiwitstructuur te verbeteren en ook zorgen voor de beschikbaarheid van "wees"-gegevens die zijn achtergelaten door individuele onderzoekers en/of uitgestorven structurele genomica-projecten.
Wetenschap © https://nl.scienceaq.com