Bacteriën die kunnen overleven zonder de aanwezigheid van zuurstof worden anaerobe bacteriën genoemd. Ze kunnen energie opwekken via andere processen dan aerobe ademhaling, zoals fermentatie of anaerobe ademhaling. Enkele voorbeelden van anaerobe bacteriën zijn:

- Clostridium botulinum:deze bacterie produceert het neurotoxine dat botulisme veroorzaakt, een ernstige vorm van voedselvergiftiging. Het wordt aangetroffen in de bodem en kan voedselproducten zoals ingeblikte goederen besmetten.

- Escherichia coli (E. coli):Sommige stammen van E. coli zijn anaëroob en kunnen infecties veroorzaken zoals urineweginfecties en voedselvergiftiging.

- Bacteroides fragilis:Deze bacterie maakt deel uit van de normale darmflora, maar kan infecties veroorzaken als deze in andere delen van het lichaam terechtkomt, zoals de bloedbaan of de buikholte.

- Methanogenen:deze bacteriën produceren methaan als bijproduct van hun metabolisme en worden aangetroffen in omgevingen zoals moerassen, moerassen en stortplaatsen.