Anaerobe bacteriën hebben geen zuurstof nodig om te leven. Ze kunnen energie opwekken door middel van fermentatie of anaërobe ademhaling, waarvoor geen zuurstof nodig is als uiteindelijke elektronenacceptor. Anaërobe bacteriën worden aangetroffen in een grote verscheidenheid aan habitats, waaronder bodem, water en het menselijk lichaam. Enkele veelvoorkomende voorbeelden van anaerobe bacteriën zijn *Clostridium botulinum* (wat botulisme veroorzaakt), *Escherichia coli* (wat voedselvergiftiging kan veroorzaken) en *Staphylococcus aureus* (wat huidinfecties kan veroorzaken).