Er wordt aangenomen dat H. floresiensis is geëvolueerd uit een vroege mensachtige die ongeveer 840.000 jaar geleden op Flores arriveerde. Er wordt aangenomen dat deze vroege mensachtigen op het eiland waren gestrand en in de loop van de tijd zijn geëvolueerd naar een kleinere, compactere vorm. Aangenomen wordt dat deze verkleining het gevolg is van eilanddwerggroei, een fenomeen dat optreedt wanneer dieren die op eilanden leven kleiner worden dan hun verwanten op het vasteland.

Aangenomen wordt dat eilanddwerggroei om een ​​aantal redenen voorkomt, waaronder beperkte hulpbronnen, concurrentie van andere soorten en een gebrek aan roofdieren. In het geval van H. floresiensis wordt aangenomen dat de beperkte hulpbronnen van het eiland en de concurrentie van andere dieren, zoals reuzenratten en Komodovaranen, mogelijk de belangrijkste factoren zijn geweest die tot de kleine omvang hebben geleid.

H. floresiensis is een van de meest interessante en raadselachtige mensachtige soorten die ooit zijn ontdekt. Zijn kleine formaat, unieke kenmerken en het feit dat hij tot relatief kort geleden leefde, maken hem tot een belangrijk onderdeel van de menselijke evolutionaire geschiedenis.