Het primaire effect van habitatvernietiging is een vermindering van de biodiversiteit, die verwijst naar de variëteit en overvloed van verschillende soorten dieren en planten in een bepaalde omgeving. Wanneer een dier het natuurlijke huis of de habitat verliest die het nodig heeft om te overleven, neemt het aantal snel af en beweegt het naar uitsterven. Geschat wordt dat 14.000 tot 35.000 soorten uitsterven, en habitatvernietiging is een van de belangrijkste oorzaken.
Bestuiving en zaadverspreiding

Zowel wilde als landbouwgewassen zijn voor de voortplanting afhankelijk van bestuiving. Fruit en groenten, belangrijke componenten van het menselijke dieet, zijn afhankelijk van bijen en andere insecten om stuifmeel van bloem naar bloem over te brengen. Wanneer habitatvernietiging de variëteiten van deze bestuivers vermindert, daalt ook de opbrengst van gewassen. Stingless bijen in Costa Rica die alleen in bossen nestelen, verhogen bijvoorbeeld de opbrengst in koffieplantages in de buurt van bosgebieden met 20 procent. Veel planten vertrouwen ook op dieren, met name dieren die fruit eten, voor zaadverspreiding. Het vernietigen van de habitat van dieren van dit type kan ernstige gevolgen hebben voor de plantensoorten die ervan afhankelijk zijn.
Klimaatregeling

Biodiversiteit beïnvloedt het klimaat voornamelijk door regulering van de hoeveelheid koolstofdioxide in de atmosfeer. Vernietiging van boshabitats vermindert het vermogen van bossen om kooldioxide te absorberen. De groeisnelheid en houtigheid van een plant bepaalt de snelheid van de koolstofomzet erin. Landschapspatronen zijn ook belangrijk omdat koolstofvastlegging aan de randen van bosfragmenten wordt verminderd. Mariene ecosystemen spelen ook een belangrijke rol bij koolstofvastlegging.
Ongediertebestrijding en ziekte

Ongedierte richt zich vaak op specifieke soorten planten. Wanneer habitats worden vernietigd en de plantendiversiteit wordt verminderd, bevat de omgeving meer een bepaald type plant. Dit maakt het gemakkelijker voor ongedierte om zich te verspreiden. Plantendiversiteit biedt habitats voor een grotere verscheidenheid aan insecten en andere dieren en voor de natuurlijke vijanden van ongedierte. Schimmelziektes van planten zijn ernstiger in monocultuurgebieden waar een enkel type gewas wordt verbouwd.
Indirecte effecten

De productie van voedsel, kleding en onderdak voor mensen hangt op veel indirecte manieren af van de biodiversiteit van ecosystemen . Een grote diversiteit aan landbouwgewassen beschermt boeren tegen mislukte gewassen. Vernietiging van habitats en vermindering van soortenrijkdom kan ecosystemen kwetsbaarder maken voor invasieve soorten en indirect invloed hebben op de gezondheid en het welzijn van de mens. Het effect van invasieve soorten wordt geïllustreerd door wat er gebeurde toen bas werd geïntroduceerd in Gatun Lake, Panama. De aanwezigheid van bas resulteerde in de vermindering van predatoren van muggenlarven en een toename van de incidentie van malaria.