Om te begrijpen waarom voedingsmiddelen van kleur veranderen, is het nuttig om te weten waarom ze überhaupt kleur hebben.
Kleur verschijnt wanneer zichtbaar licht in wisselwerking staat met de kegeltjes in onze ogen, waardoor zenuwsignalen ontstaan die de gezichtscentra van de hersenen interpreteren. We zien alleen licht dat binnen ons waarnemingsbereik valt (golflengten tussen 400 en 700 nanometer, of violet tot en met rood) en alleen als het wordt gebroken of gereflecteerd. Geabsorbeerd licht bereikt onze ogen nooit, maar beïnvloedt wel de kleuren die we waarnemen door bepaalde golflengten af te trekken van het licht dat dat wel doet.
Planten nemen een verscheidenheid aan kleuren aan vanwege de natuurlijke pigmenten in hun cellen. Chlorofyl a , een pigment dat veel voorkomt in fotosynthetische organismen, absorbeert voornamelijk violetblauwe en roodoranje golflengten en lijkt groen tenzij het wordt gemaskeerd door andere pigmenten. Om zoveel mogelijk energie op te nemen, bevatten planten ook accessoire pigmenten die de spectrale gebieden absorberen die chlorofyl a niet absorbeert. Chlorofyl b absorbeert bijvoorbeeld roodoranje en groen licht. Andere voorbeelden van pigmenten in voedsel zijn:
Deze pigmenten zorgen ook voor een van de meest gevierde kleurveranderingen in de natuur:de komst van de herfst. Anthocyanen liggen het hele jaar door op de loer in het bladsap van rode esdoorns, maar pas nadat het meer dominante chlorofylpigment is afgebroken, kunnen de paarse en rode tinten erdoorheen schijnen.
Maar wat bepaalt welke kleuren deze pigmenten absorberen? Het antwoord heeft te maken met hun moleculaire structuur en hun samenstelling. Lycopeen is bijvoorbeeld een isomeer van caroteen, wat betekent dat het dezelfde chemische formule heeft, maar een andere structuur. Dit structurele verschil verklaart het absorptiepatroon.