Randy Schekman wordt een beetje moe om hierover te praten.

Maar dan, dit kan de laatste keer zijn dat hij moet.

"Het argument voor open access ligt zo voor de hand, het is pijnlijk om het te moeten herhalen, " zegt Schekman, een Nobelprijswinnaar uit 2013 en bioloog van UC Berkeley. "Het publiek betaalt voor het onderzoek, en toch kunnen ze het onderzoek niet lezen. Artsen hebben geen toegang tot de literatuur - startende biotechbedrijven die voorop lopen op het gebied van ontdekking kunnen de licenties niet betalen."

"Het is duidelijk dat het zo moet, " hij zegt.

Onder druk van een wereldwijde gezondheidscrisis, het argument voor open access is doorgedrongen. Na oproepen van de Wereldgezondheidsorganisatie en regeringsleiders, meer dan 150 uitgevers, bedrijven, en onderzoeksinstellingen zijn overeengekomen om alle inhoud met betrekking tot COVID-19 tijdelijk gratis te lezen, ervoor te zorgen dat inspanningen om het virus te begrijpen onverschrokken kunnen doorgaan.

Het resultaat ziet eruit als de meest epische estafetteloop uit de geschiedenis. tientallen, soms honderden, van studies worden dagelijks geplaatst, met staarten van citaten die de wereld rondgaan. Genetische mutaties van het virus – aanwijzingen voor de verspreiding ervan – vullen duizenden databases. En een hernieuwde cultuur van het delen van gegevens heeft wetenschappelijke samenwerking als nooit tevoren aangewakkerd.

Dus nu is de vraag:is dit de katalysator die de banden van een oud publicatiemodel voor eens en voor altijd verbreekt?

"Dit is misschien de laatste keer dat we het hebben over speciale toegang tot papieren vanwege een pandemie, ', zegt Schekman.

Een nieuwe grens

Buiten noodsituaties op het gebied van de volksgezondheid, de snelheid waarmee onderzoeksontdekkingen hun weg vinden over de hele wereld is niet zo revolutionair.

In feite, nadat een onderzoeker een onderzoek bij een tijdschrift heeft ingediend, het kan enkele maanden duren - of zelfs een jaar of langer - voordat de krant het daglicht ziet.

"Het is vaak een heel langzaam proces, " zegt Jade Benjamin-Chung, een epidemioloog en docent aan de UC Berkeley's School of Public Health.

Eenmaal gepubliceerd, de inhoud is van de meeste verzegeld, alleen beschikbaar via forse sitelicenties of een toeslag van ongeveer $ 30 per artikel. Leden van het publiek, wiens belastingen een groot deel van de wetenschappelijke output van het land financieren, kan het materiaal pas inzien na een embargoperiode van zes maanden tot vier jaar, afhankelijk van het journaal.

"Het is een racket, ', zegt Schekman.

De dingen zijn nu anders, tijdens een pandemie. De meeste grote tijdschriften hebben tijdelijk de betaalmuren voor COVID-19-inhoud afgebroken, onder vermelding van hun inzet voor het helpen van onderzoek naar de ziekte. Veel uitgevers versnellen ook materiaal met betrekking tot COVID-19.

Nog altijd, terwijl laboratoria over de hele wereld studies over deze ziekte uitvoeren, de tijdschriften kunnen het niet helemaal bijbenen. In plaats daarvan, onderzoekers wenden zich tot preprints:open access-versies van onderzoekspapers die worden gedeeld voorafgaand aan de officiële beoordeling of publicatie. Wetenschappers plaatsen hun manuscripten in open repositories die bekend staan ​​als preprint-servers, waar anderen de bevindingen kunnen lezen en bespreken.

De servers zijn de afgelopen maanden geëxplodeerd met inhoud. tegen juni, meer dan 5, 000 artikelen over het virus waren geplaatst op de toonaangevende servers voor biologie en geneeskunde, bioRxiv en medRxiv (uitgesproken als "bio-archief" en "med-archief").

De aantrekkingskracht van preprints is duidelijk:toegang en snelheid. Directe toegang tot wetenschappelijke literatuur kan onderzoekers behoeden voor het onnodig herhalen van experimenten, bijvoorbeeld. Maar er is een addertje onder het gras:preprints moeten nog door peer review gaan - de standaardtest van goede wetenschap.

(De meeste grote preprint-servers hebben enkele maatregelen voor kwaliteitscontrole, Hoewel. Preprints op bioRxiv en medRxiv, bijvoorbeeld, worden gescreend door vakdeskundigen en medewerkers, met strengere filters voor COVID-19-inhoud.)

"Een groot voordeel van snelle publicatie van informatie is dat het andere onderzoeken direct kan informeren, Benjamin-Chung zegt. "Maar wat het betekent is dat als we een preprint gaan gebruiken om onze studie te informeren, we moeten het zelf heel goed bekijken."

Met haar onderzoeksteam Benjamin-Chung heeft zich verdiept in gegevens over COVID-19-tests in de VS en andere landen, het toepassen van statistische modellen om te schatten wat het aantal vroege gevallen in de VS zou kunnen zijn, waren robuuster testen.

De schatting van haar team? Ongeveer negen keer meer dan wat werd gemeld, of ongeveer 6,3 miljoen infecties tegen 18 april, volgens de voordruk.

"Als we voornamelijk mensen testen die symptomen hebben - vooral degenen die het meest symptomatisch zijn - zien we slechts het topje van de ijsberg, Benjamin-Chung zegt. "Er is waarschijnlijk veel overdracht in de gemeenschap die we niet vastleggen."

Het model werd geïnformeerd door vele artikelen en preprints, inclusief onderzoeken die asymptomatische individuen willekeurig op het virus testten en onderzoeken naar de nauwkeurigheid van diagnostische tests.

"We kijken naar onderzoeken van over de hele wereld, ', zegt ze. 'En als andere onderzoekers hun preprints niet hebben gepost, we hadden ons model niet zo snel kunnen ontwikkelen."

Beter, sneller, sterker

Als het gaat om het aanpassen van wetenschappelijke publicaties voor een pandemie, Hoewel, preprints zijn slechts een deel van de vergelijking. Er is een oceaan van belangrijke ontdekkingen direct beschikbaar, maar ook een oceaan van studies - sommige diep, sommige dubieus - om doorheen te waden.

Weer hier, open toegang is essentieel, zeggen onderzoekers. Als een belangrijk knelpunt bij het publiceren het vaak langdurige proces van peer review is, de oplossing lijkt op een wereldwijd netwerk van wetenschappers die allemaal tegelijk worden ingezet.

Een van die coalities is Rapid Reviews:COVID-19, een innovatief open access tijdschrift dat onlangs is gelanceerd door UC Berkeley en de MIT Press. Gebouwd om een ​​balans te vinden tussen snelheid en strengheid, het tijdschrift gebruikt machine learning-software (ontwikkeld in het Lawrence Berkeley National Laboratory) samen met een wereldwijd team van vrijwilligers om elke week tientallen preprints te verzamelen en te doorzoeken. Het internet afschrapen voor informatie zoals vermeldingen op sociale media en universiteitsrapporten, het team is in staat om snel veelbelovende onderzoeken te identificeren die moeten worden herzien.

De kern van dat model is brede open toegang tot de literatuur, zegt Hildy Fong Baker, hoofdredacteur van het tijdschrift.

"We willen een publicatie-ecosysteem hebben dat werkt voor zowel de wetenschappers die onderzoek doen als voor het publiek dat het wil begrijpen - en die daardoor een beter leven zouden kunnen hebben. " zegt Bakker, die de uitvoerend directeur is van het UC Berkeley's Center for Global Public Health en het UC Berkeley-UCSF Center for Global Health Delivery, Diplomatie, en Economie. "Open access is daar een belangrijk onderdeel van."

"We hebben toegang tot die open servers nodig om dit werk te doen, "zegt ze. "Als we dat niet hadden, we zouden niets hebben om te beoordelen."

Ook zonder dagboeken Hoewel, het internet heeft zijn eigen virtuele voorhoede verzameld:het publiek. Omdat alles in de open lucht is, er is een soort ad-hocsysteem voor collegiale toetsing ontstaan ​​op wetenschappelijke fora en sociale media, overgenomen door onderzoekers over de hele wereld.

"Als (een studie) van belang is, mensen beoordelen het zelf en beginnen direct met commentaar, " zegt Martyn T. Smith, een UC Berkeley hoogleraar toxicologie.

Eerder dit jaar, twee preprints uit Duitsland en China onthulden hoe het SARS-CoV-2-virus, die COVID-19 veroorzaakt, bindt zich met een enzym dat essentieel is voor de replicatie ervan - passend in de unieke vorm van het enzym als een sleutel in een slot. (Eenmaal verloofd, dat enzym begint snaren van het genetische materiaal van het virus in nieuwe babyvirussen te knippen.)

Uitgerust met die aanwijzingen, Smith en anderen hebben er meer dan 2 getest, 500 natuurlijke verbindingen in een 3D-computersimulatie om te zien of een van die chemicaliën in plaats daarvan met het enzym zou kunnen binden - het sleutelgat opvullen en het virus blokkeren.

Het doel, Smit zegt, is het identificeren van natuurlijke voedingsmiddelen en supplementen die verlichting kunnen bieden tegen het coronavirus bij afwezigheid van goedgekeurde medicijnen of een vaccin.

"We zijn erg geïnteresseerd in het idee van, wat verklaart dat mensen wel vatbaar zijn voor het virus en andere mensen niet?" zegt Smith. "En we denken dat voeding een grote rol kan spelen."

uiteindelijk, de studie (nog niet peer-reviewed) vond dat voedingsmiddelen die rijk zijn aan flavonoïden, waaronder veel groenten, fruit, en sommige theesoorten kunnen infecties helpen voorkomen. (Verschillende recente onderzoeken hebben vergelijkbare conclusies opgeleverd.)

Kort nadat de preprint was geplaatst, andere onderzoekers merkten op dat overmatig eten van zelfs natuurlijke verbindingen schadelijk kan zijn, waarop Smith snel reageerde. (De studie waarschuwt voor overmatige inname van flavonoïden.)

"Het punt van het plaatsen van dergelijke studies is dat de gegevens er zijn voor gekwalificeerde mensen om te evalueren, "zegt Schekman. "Het is niet zomaar een krantenartikel, het is een artikel met gegevens."

'Een cowboy-mentaliteit'

Voor al hun voordelen, preprints hebben een wat trage opkomst tot bekendheid gehad.

De eerste preprint-server, arXiv, werd gelanceerd in 1991, in het Los Alamos National Laboratory, als een externe opslagplaats voor nieuw werk in de natuurkunde. Hoewel preprints al lang populair zijn op het gebied van natuurkunde, wiskunde, en informatica, ze zijn pas recentelijk doorgedrongen in biologie en geneeskunde, met de lancering van bioRxiv en medRxiv in 2013 en 2019, respectievelijk.

Dat traject heeft iets te maken met de almachtige greep van uitgevers op de wetenschap, Schekman zegt - en de enorme vraag van onderzoekers naar verandering.

"Journals hadden vroeger een zeer sterk embargobeleid, " zegt Schekman, voormalig hoofdredacteur van het open access tijdschrift eLife. "Commerciële tijdschriften zoals Cel vertelden hun auteurs dat als je zelfs maar over deze resultaten praat op een symposium, we kunnen het papier uit overweging intrekken.

"Ze werden gedwongen om hieraan toe te geven."

Vandaag, bijna alle grote tijdschriften laten of, in sommige gevallen, moedig onderzoekers aan om hun studies vóór publicatie op preprint-servers te plaatsen. Veel tijdschriften beloven zelfs op hun websites dat dit de kans op publicatie van een paper in de loop van de tijd niet schaadt.

Sindsdien hebben ze een snelle opkomst gehad. Volgens een onderzoek in eLife, in 2018 zijn er meer preprints op bioRxiv geplaatst dan in de vier voorgaande jaren samen.

Maar de weerstand blijft. Zelfs nu, sommige tijdschriften verbieden het delen van voordrukken. Anderen zijn dubbelzinnig over hun beleid.

Gebruiken, te, zijn traag om te veranderen, zegt Schekman. Voor een ding, onderzoekers zijn bang om 'gescoopt' te worden - dat hun experimenten en gegevens door anderen worden gekopieerd. Een onderzoeker in het vakgebied van Schekman, in feite, had geweigerd een onderzoek op de bioRxiv-site te plaatsen omdat het "hun concurrenten een voorsprong zou geven, " herinnert hij zich.

"(De onderzoeker) wilde de resultaten zo lang mogelijk achterhouden, "zegt Schekman. "Dat is een houding, maar het is er een die ik afwijs."

"Het maakt deel uit van de cultuur - de giftige cultuur in de wetenschap die het individu bevoordeelt boven collegialiteit en samenwerking, " gaat hij verder. "Het is een cowboy mentaliteit."

Tegelijkertijd, De berichtgeving van tijdschriften over preprints was minder dan rooskleurig. in 2016, Emilie Marcus, dan hoofdredacteur van Cel en CEO van Cell Press, ontmoedigde onderzoekers om preprints te citeren, door te zeggen dat dit een "pseudo-artikel zou ondersteunen dat via een achterdeur geloofwaardigheid binnensluipt".

Het effect van een dergelijke signalering is duidelijk geweest - en, in sommige gevallen, verlammend. Volgens een onderzoek uit 2018 in het open access-tijdschrift PLOS Geneeskunde , preprints hebben de verspreiding van onderzoek tijdens de Zika-epidemie 2015-16 en de ebola-uitbraak van 2013-16 aanzienlijk versneld. Maar slechts 5 procent van de artikelen over de twee ziekten werd eerst als preprint geplaatst, de studie gevonden.

Cruciale gegevens werden ook geheim gehouden. Volgens een WHO-bulletin uit 2016, het waren "tekortkomingen in bestaande mechanismen voor het delen van gegevens" die uiteindelijk de wetenschappelijke vooruitgang over ebola tot stilstand brachten. De WHO riep op tot open toegang tot onderzoeksgegevens in de komende noodsituaties op het gebied van de volksgezondheid.

"Je kunt niet op dit spul zitten, " zegt Ann Glusker, Berkeley's sociologie, demografie, en kwantitatief onderzoeksbibliothecaris en voormalig epidemioloog. "Als je het daar neerzet, je gaat anderen informeren over hoe het verder moet, en je gaat duizenden besparen, miljoenen, van levens, mogelijk.

"Hoewel je preprints nog steeds kritisch in de gaten moet houden, ze zijn alles wat we zojuist hebben, "zegt ze. "Je kunt niet gewoon je neus dichtknijpen en zeggen:'Oh, de gegevens zijn gewoon niet beschikbaar.'"

'Er komt een revolutie'

Voor Benjamin Chung, de Berkeley-epidemioloog, de hoop is dat de huidige toename van het delen van gegevens zich alleen maar zal uitbreiden in een postpandemische wereld.

Zoals het staat, zelfs open tijdschriften die het delen van gegevens verplicht stellen, hebben een lage of wankele naleving, ze zegt, met de onderzoeksgegevens vertraagd, ontoegankelijk, of geheel ontbreekt.

"Iedereen erkent dat het vasthouden aan gegevens nu alleen zal voorkomen dat we vooruitgang boeken met betrekking tot COVID-19, Benjamin-Chung zegt. "Wat ik graag zou zien nadat deze (pandemie) is afgelopen, is dat de manier waarop we gegevens delen robuuster wordt.

"Als je zegt dat dit artikel echt open data heeft, Ik zou graag een link hebben om toegang te krijgen tot de gegevens om daar te zijn."

Om dat te laten gebeuren, er zal een paradigmaverschuiving plaatsvinden:van onderzoekers die gewend zijn data op te potten naar de commerciële tijdschriften die hen daar al lang redenen toe hebben gegeven.

En de druk is hoog:het Witte Huis overweegt nu een beleid om te verplichten dat al het federaal gefinancierde onderzoek open access wordt gepubliceerd, ook buiten pandemieën. (Uitgevers hebben zich in protest verzameld, het schrijven van een brief aan president Donald Trump waarin hij waarschuwde dat het beleid "het intellectuele eigendom van Amerikaanse organisaties in gevaar zou brengen" en "ons zou dwingen om het gratis aan de rest van de wereld weg te geven").

Zonder zulke wetten, uitgevers zullen onvermijdelijk wegdraaien van open access zodra de lucht begint op te klaren.

Ze zullen proberen, minstens.

"Ik hoop dat er een revolutie zal komen wanneer (tijdschriften) opnieuw proberen geld te krijgen voor hun inhoud, "zegt Glusker. "Maar dat is een andere discussie."