Er zijn echter enkele belangrijke verschillen tussen prokaryotisch DNA en eukaryotisch DNA:

* Locatie: In prokaryoten bevindt DNA zich in een gebied genaamd de nucleoid , dat niet wordt ingesloten door een membraan zoals de kern in eukaryotische cellen.

* Structuur: Prokaryotisch DNA is typisch circulaire en enkelstrengs , terwijl eukaryotisch DNA lineair en dubbelstrengs is.

* organisatie: Prokaryotisch DNA is meestal niet geassocieerd met histonen , de eiwitten die helpen bij het organiseren van eukaryotisch DNA.

Het is belangrijk op te merken dat sommige prokaryoten plasmiden hebben , die kleine, cirkelvormige DNA -moleculen zijn die onafhankelijk van het belangrijkste chromosoom bestaan. Deze plasmiden dragen vaak genen die bacteriën voorzien van voordelen, zoals antibioticaresistentie.