In eukaryote cellen bevindt mRNA zich in het cytoplasma, met name in de gebieden nabij de ribosomen, waar eiwitsynthese plaatsvindt. Na transcriptie in de kern worden de mRNA-moleculen via kernporiën naar het cytoplasma getransporteerd. Ze binden zich vervolgens aan ribosomen, waar ze dienen als sjablonen voor eiwitsynthese.