Mycobacterium tuberculosis maakt, net als alle andere bacteriën, gebruik van proteolyse om onnodige, verkeerd gevouwen en beschadigde eiwitten en peptiden af ​​te breken tot fundamentele moleculaire bouwstenen:aminozuren. Er zijn twee essentiële proteolytische systemen (bekend als ATP-afhankelijke proteasen):ClpP-protease en Lon-protease. Elk speelt een belangrijke en goed gekarakteriseerde rol bij de kwaliteitscontrole van bacteriële eiwitten en de controle van de virulentie bij M. tuberculosis.