Science >> Wetenschap >  >> Biologie

Moderne plantaardige enzymen werken samen met verrassend oude eiwitten

Biologen van Brookhaven Lab produceerden deze confocale microscopiebeelden bij het Center for Functional Nanomaterials. De onderzoekers hebben CB5D en CB5D-achtige eiwitten gelabeld met een geel fluorescerend eiwit om hun verdelingen in plantencellen te visualiseren. De beelden hielpen de onderzoekers bevestigen dat het CB5D-achtige eiwit van een oude levermossoort (rechts) in dezelfde subcellulaire structuren was gelokaliseerd als het moderne CB5D-eiwit (links). Krediet:Brookhaven National Laboratory

Wetenschappers van het Brookhaven National Laboratory van het Amerikaanse Department of Energy (DOE) hebben ontdekt dat een eiwit dat verantwoordelijk is voor de synthese van een belangrijk plantaardig materiaal veel eerder is geëvolueerd dan werd vermoed. Het onderzoek gepubliceerd in The Plant Cell , onderzoekt de oorsprong en evolutie van de biochemische machinerie die lignine bouwt, een structureel onderdeel van plantencelwanden met aanzienlijke gevolgen voor de schone energie-industrie.



Toen de eerste landplanten uit aquatische milieus tevoorschijn kwamen, moesten ze zich aanpassen om te kunnen overleven.

Chang-Jun Liu, een senior wetenschapper bij de afdeling Biologie van Brookhaven, zei:"De opkomst van lignine, die structurele ondersteuning biedt aan de planten, was een belangrijke evolutionaire gebeurtenis die het overleven van planten in de nieuwe terrestrische omgeving mogelijk maakte."

Begrijpen hoe planten beschermende mechanismen ontwikkelden die overleving in nieuwe omgevingen mogelijk maken, is van cruciaal belang omdat ze te maken krijgen met uitdagingen die de klimaatverandering vandaag de dag met zich meebrengt. Maar lignine is ook van groot belang voor onderzoekers die zoeken naar opties voor schone energie.

Dit taaie plantmateriaal kan worden verwerkt en omgezet in waardevolle bioproducten. En lignine is de enige hernieuwbare bron van aromatische verbindingen, die chemisch vergelijkbaar zijn met moleculen die voorkomen in conventionele vliegtuigbrandstof en die door luchtvaartmaatschappijen kunnen worden gebruikt als 'drop-in' brandstof.

"Moderne planten bevatten drie soorten lignine, maar de meeste vroege ligninebevattende planten hadden slechts twee soorten. De 'nieuwere' lignine wordt syringyl-lignine of S-lignine genoemd", legt Liu uit. S-lignine is relatief recent geëvolueerd met bloeiende planten en is structureel minder complex dan de andere ligninecomponenten. Vooral de potentiële industriële toepassingen ervan hebben de aandacht van wetenschappers getrokken, omdat S-lignine relatief gemakkelijk af te breken is tot eenvoudige aromaten.

De nieuwe studie bouwt voort op jarenlang onderzoek gericht op lignine en de moleculen die verantwoordelijk zijn voor de synthese ervan. In 2019 ontdekten Liu en zijn collega's dat een specifiek cytochroom b5-eiwit, CB5D, onmisbaar is voor de productie van S-lignine, maar niet de andere, oudere soorten lignine.

“Het unieke karakter van de rol van CB5D in de synthese van S-lignine intrigeerde ons,” merkte Liu op. "Dus we werden geïnspireerd om de oorsprong en evolutie ervan verder te onderzoeken."

Enzymatisch teamwerk

In een eerder onderzoek ontdekte het team van Liu dat CB5D een speciale samenwerking heeft met een enzym genaamd ferulaat 5-hydroxylase (F5H). Samen synthetiseerden deze moleculen het waardevolle S-lignine.

De wetenschappers wisten dat de evolutie van F5H in bloeiende planten had geleid tot de productie van S-lignine. Ze verwachtten dus te ontdekken dat CB5D samen met F5H was geëvolueerd.

Plantenbiologen brachten genen van verschillende plantensoorten, variërend van evolutionair oud tot evolutionair recent, tot expressie in moderne Arabidopsis-planten. De onderzoekers kweekten de genetisch gewijzigde plantzaailingen in petrischalen (links) voordat ze in de grond werden overgebracht (rechts). Credit:Kevin Coughlin/Brookhaven National Laboratory

Om hun hypothese te onderzoeken voerden de wetenschappers een genetische analyse uit om andere plantensoorten te vinden waarvan het DNA genen bevatte die vergelijkbaar zijn met het moderne CB5D-gen, dat fungeert als instructies voor het assembleren van het CB5D-eiwit. Ze identificeerden 21 soorten, variërend van evolutionair oud tot evolutionair recent. De wetenschappers hebben deze genen vervolgens gesynthetiseerd en individueel tot expressie gebracht in een moderne plantensoort die genetisch is aangepast zodat het CB5D-gen ontbreekt.

"Zonder het CB5D-gen synthetiseert de plant slechts een kleine hoeveelheid S-lignine", zegt Xianhai Zhao, een postdoctoraal onderzoeker bij Brookhaven en hoofdauteur van het nieuwe artikel. "Maar als deze functie zou worden hersteld met de expressie van een van de verwante genen, dan zouden we weten dat dat gen op dezelfde manier functioneert als het moderne CB5D-gen."

De wetenschappers ontdekten dat een gen van een groene algensoort die ruim 500 miljoen jaar geleden uitgroeide tot een vroege landplant, de synthese van S-lignine in de moderne plant herstelde. Dit gaf aan dat het gen functionaliteit van het CB5D-type vertoonde. De wetenschappers ontdekten ook dat de functie behouden bleef in verschillende vroege landplanten, zoals levermossen en mossen.

"Dit betekent dat de CB5D miljoenen jaren eerder is geëvolueerd dan we hadden verwacht", legt Liu uit. "Het was behoorlijk verrassend om te ontdekken dat een moderne elektronenacceptor als F5H samenwerkte met een oud eiwit om nieuwe biochemische machines te ontwikkelen die de geavanceerde ligninestructuur synthetiseren."

Wetenschappelijk teamwerk en volgende stappen

Het CB5D-gen en zijn oudere tegenhanger bevatten vergelijkbare DNA-sequenties en -functies. Maar de wetenschappers wilden er zeker van zijn dat het CB5D-eiwit van een oude soort, zoals levermos, tot expressie werd gebracht in dezelfde subcellulaire structuren als het moderne CB5D.

Daarom gebruikten ze confocale microscopie bij het Center for Functional Nanomaterials, een gebruikersfaciliteit van het DOE Office of Science in het Brookhaven Lab, om te bevestigen dat dit het geval was.

Nadat ze oude genen hadden gevonden die coderen voor eiwitten die lijken op het moderne CB5D-eiwit in termen van S-ligninesynthese in moderne planten en cellulaire lokalisatie, wilde het team meer te weten komen over de oude functie van dit eiwit en hoe deze in de loop van de tijd veranderde of uitbreidde.

Uit hun analyse bleek dat het CB5D-achtige eiwit opdook in wateralgen vlak voordat ze overgingen naar een terrestrische omgeving. En omdat het in vroege landplanten werd bewaard, vervult dit eiwit waarschijnlijk een of meer essentiële functies.

"Oude planten zoals levermos bevatten geen S-lignine", zei Zhao. "Als het CB5D-type eiwit niet verantwoordelijk was voor de synthese van S-lignine, wat heeft het dan gedaan?"

Liu merkte op:"Dat is het mooie van onderzoek. Als je één vraag beantwoordt, kom je bij nog interessantere vragen terecht die wachten om ontdekt te worden."

Meer informatie: Xianhai Zhao et al., Cytochroom b5-diversiteit in groene lijnen ging vooraf aan de evolutie van de biosynthese van syringyllignine, The Plant Cell (2024). DOI:10.1093/plcell/koae120

Journaalinformatie: Plantencel

Geleverd door Brookhaven National Laboratory