Als je hoort over het darmmicrobioom, vraag je je dan ooit af welke kleine wezens er in je eigen lichaam krioelen? Als microbioloog die de microbiomen van planten, dieren en mensen bestudeert, heb ik de publieke belangstelling voor darmmicroben zien groeien naast onderzoek naar hun mogelijke dramatische invloed op de menselijke gezondheid. In de afgelopen jaren zijn microbioomtesttechnieken die door onderzoekers zoals ik worden gebruikt, nu beschikbaar voor consumenten thuis. Deze persoonlijke testkits voor het darmmicrobioom beweren u te vertellen welke organismen in uw darm leven en hoe u uw darmmicrobioom kunt verbeteren met behulp van die gegevens.

Ik raakte erg geïnteresseerd in hoe deze thuistestkits werken, wat voor soort informatie ze bieden en of ze je echt kunnen helpen om je darmmicrobioom te veranderen. Dus bestelde ik een paar kits van Viome, Biohm en Floré, probeerde ze uit en bladerde door mijn eigen microbioomgegevens. Dit is wat ik heb geleerd.

Hoe werken darmmicrobioomkits?

Voor alle darmmicrobioomkits moet u zorgvuldig vers fecaal materiaal verzamelen. Je stopt het in de verschillende buizen die in de kit zitten en stuurt de monsters terug naar het bedrijf. Enkele weken later ontvangt u een rapport met een beschrijving van de soorten microben die in uw darmen leven en suggesties over hoe u uw dieet of activiteiten kunt veranderen om mogelijk uw darmmicrobioom te veranderen.

Wat consumenten niet precies weten, is hoe bedrijven de microbiële profielgegevens van uw fecale monster genereren. Een typische benadering die ik en andere microbioomonderzoekers gebruiken, is om het microbiële genetische materiaal uit een monster te extraheren en te decoderen. We gebruiken dat genetische materiaal om te identificeren welke soorten microben aanwezig zijn. De uitdaging is dat dit proces op veel verschillende manieren kan worden uitgevoerd en dat er geen algemeen aanvaarde normen zijn voor wat de beste methode is.

Zo kunnen microbioomanalyses worden gedaan op twee soorten genetisch materiaal, RNA of DNA. Als het profiel op DNA is gebaseerd, kan het u alleen een momentopname geven van welke soorten microben aanwezig zijn, niet welke microbiële genen actief zijn of welke activiteiten ze in uw lichaam uitvoeren. Aan de andere kant, als het profiel op RNA is gebaseerd, kan het je niet alleen vertellen welke microben aanwezig zijn, maar ook of ze een rol spelen bij je spijsvertering of metabolieten produceren die onder andere darmontsteking kunnen verminderen. Viome genereert zijn profielen door naar RNA te kijken, terwijl de andere bedrijven DNA gebruiken.

Andere keuzes voor gegevensanalyse, zoals hoe verschillende soorten genetische sequenties worden gesorteerd of welke databases worden gebruikt om de microben te identificeren, kunnen ook van invloed zijn op het detailniveau en de bruikbaarheid van de uiteindelijke gegevens. Microbioomwetenschappers zijn meestal erg voorzichtig om op deze nuances te wijzen bij het interpreteren van hun eigen gegevens in wetenschappelijke artikelen, maar deze details worden niet duidelijk gepresenteerd in microbioomkits voor thuisgebruik.

Wat ik heb geleerd over mijn darmmicrobioom

Hoewel ik voor elke kit hetzelfde fecale monster gebruikte, goed gemengd om uniformiteit te garanderen, was ik verrast dat elk van de drie producten die ik probeerde me verschillende indrukken van mijn darmmicrobioom gaf.

Elk bedrijf geeft een algemene "score" op hoe uw microbioom zich verhoudt tot wat zij als "goed" of "gezond" beschouwen. Mijn scores varieerden van 39% (niet geweldig) tot 72% (goed). Interessant is dat Viome, die microbiële activiteit afleidt met behulp van RNA, de laagste score gaf. Het merkte op dat bepaalde microbiële activiteiten in mijn darmen, zoals methaanproductie en verteringsefficiëntie, niet optimaal waren.

Ik was ook verrast door de variatie in de totale microbiële diversiteit die elk bedrijf rapporteerde. Hoewel er algemene overeenstemming was in de algemene groepen microben die aanwezig waren op het phylum-niveau, een meer algemene biologische groepering, was er een enorm scala aan variatie op het soortsniveau, de meest specifieke groepering. Het ene bedrijf rapporteerde 527 soorten microben in mijn microbioom, terwijl een ander er 312 rapporteerde. Een bedrijf rapporteerde er slechts 27.

Misschien wel de meest verrassende en meest verrassende bevinding was dat mijn onderbuik een microbe kan herbergen die (er zijn hier veel kanttekeningen!) een probleem voor mij zou kunnen vormen in de toekomst als ik bepaalde medische situaties meemaak. Hoewel alle bedrijven expliciet naar deze microbe zochten in mijn darmmicrobioom, vonden er maar twee het echt. Hoewel ik de exacte microbe niet zal noemen om mijn gezondheidsprivacy te beschermen, maak ik me niet al te veel zorgen over dit resultaat, omdat er meer informatie nodig is, zoals volledige genoomsequencing van de microbe, om beter te begrijpen of dit echt een zorgwekkende stam van deze is microbe. Maar deze bevinding wijst wel op een verrassende variatie in resultaten tussen verschillende testkits.

Kunnen deze gegevens uw darmmicrobioom echt verbeteren?

Many microbiome scientists like me would probably argue that the data these kits provide are limited in terms of giving you the power to alter your health. This is partly because gut microbiome science is still a new field with many unanswered questions.

One challenge is that different people can have different proportions of microbes present in their gut. This variation has made it difficult for scientists and health professionals to agree on what type of microbial community makes a gut "healthy." Some specific species, such as the bacterium C. diff , and some broad groups, like Proteobacteria, are usually considered undesirable in high amounts. But there is no clear consensus on why one microbiome might be better than another.

Even if you did try to improve your gut microbiome based on what your gut test told you, the results might not turn out as you hoped. Probiotics or diet changes can alter the diversity of your gut microbiome and how it functions, but studies often find that each person can have different responses to these interventions, possibly because of their own unique microbiome composition. The personalized ecology of gut microbial communities, combined with genetics, diet and other factors, makes it challenging to prescribe universal solutions.

So why bother getting a gut microbiome test? For me, it was illuminating to learn what microbes I carry around with me each day. When I eat my lunch, go for a run or get stressed out, the microbes in my gut respond to changes in my body. Researchers may not completely understand what those changes mean and how to manage our microbial partners, but getting to know who they are is a great first step.