Schimmels spelen een belangrijke rol in de energiekringloop binnen en tussen ecosystemen. Schimmels komen voor in terrestrische, mariene en zoetwateromgevingen en maken deel uit van een diverse gemeenschap van "ontbinders" die dode planten en dieren afbreken. Afgezien van schimmels, omvat deze gemeenschap bacteriën, kleine ongewervelde dieren, zoals nematoden, en grotere ongewervelde dieren, zoals slakken, kevers en regenwormen. Schimmels transformeren organische stof in vormen die kunnen worden gebruikt door andere ontbinders en in voedsel voor planten.
Ontleding

Schimmels leven overal waar vocht aanwezig is. Ze kunnen worden gevonden als eencellige organismen, zoals gist, die onzichtbaar zijn voor het blote oog, en als meercellige organismen, zoals paddestoelen, die zijn opgebouwd uit strengen van cellen die "hyfen" worden genoemd. Schimmels zijn zo wijdverbreid en talrijk dat ze een groot deel van de biomassa in een bepaald ecosysteem uitmaken. Schimmels spelen een zeer belangrijke rol in het ontbindingsproces, omdat ze taaie organische materialen kunnen afbreken, zoals cellulose en lignine, die ongewervelde dieren moeilijk te verteren vinden. Schimmels geven spijsverteringsenzymen vrij die worden gebruikt om complexe organische verbindingen te metaboliseren tot oplosbare voedingsstoffen, zoals eenvoudige suikers, nitraten en fosfaten. In tegenstelling tot dieren die voedsel in hun lichaam verteren, verteren schimmels voedsel buiten hun "lichaam" en absorberen vervolgens de voedingsstoffen in hun cellen.
Nutrient Cycling

Planten hebben voedingsstoffen nodig voor groei, maar voedingsstoffen zijn zelden vrij beschikbaar in grond of water omdat ze zijn opgesloten in onoplosbare verbindingen. Planten vertrouwen daarom op ontleders om ze oplosbare voedingsstoffen te geven die door wortels kunnen worden opgenomen. Bijvoorbeeld stikstof, een van de belangrijkste voedingsstoffen voor planten, zit opgesloten in eiwitten die niet gemakkelijk door planten worden opgenomen - hoewel is aangetoond dat sommige planten dit doen. Schimmels metaboliseren eiwitten en geven anorganische vormen van stikstof, zoals nitraat, vrij die gemakkelijk kunnen worden opgenomen door plantenwortels. In zoetwateromgevingen spelen schimmels een belangrijke rol bij de overdracht van energie van oeverbossen naar aquatische ecosystemen door hout en bladafval dat in het water valt te ontbinden. In terrestrische systemen brengen schimmels energie over van de grond naar daaronder, waar het wordt gerecycled naar planten.
Symbiose

Sommige soorten schimmels vormen symbiotische relaties met planten. Mycorrhizaschimmels worden geassocieerd met plantenwortels. Deze relatie is wederzijds voordelig omdat schimmels de overdracht van voedingsstoffen uit de bodem naar plantenwortels vergemakkelijken en op hun beurt koolstof van de plant ontvangen. Koolstof wordt opgeslagen door schimmels in de bodem en komt daarom niet vrij als koolstofdioxide. Er werd ooit gedacht dat planten de enige koolstofbron waren voor mycorrhiza-schimmels. Uit een artikel gepubliceerd in het mei 2008 nummer van "Functionele Ecologie" blijkt echter dat mycorrhiza-schimmels organische koolstof actief kunnen ontleden en daarom een grotere rol spelen in koolstofverlies en input uit de bodem dan eerder gedacht. Korstmossen zijn een ander soort schimmels die een symbiotische relatie vormen, maar ze doen dit met cyanobacteriën. Korstmossen bieden onderdak aan de bacteriën, die op hun beurt via korstmossen energie en koolstof produceren voor korstmossen.
Voedselbron

Er zijn veel dieren die gedeeltelijk of geheel afhankelijk zijn van schimmels als voedselbron. Plantenetende zoogdieren zijn meestal opportunistische schimmelvoeders, die schimmels eten als ze deze tegenkomen tijdens het browsen in het bos. Voor sommige dieren vormen schimmels echter een groot deel van hun voeding. Voorbeelden zijn de kariboe, die in de winter sterk afhankelijk is van boomkorstmossen als er geen bladvoedsel beschikbaar is, en de langneusige potoroo, een Australisch zoogdier wiens dieet bijna volledig bestaat uit schimmels. Veel ongewervelde dieren eten ook schimmels, zowel opportunistisch als actief. Stream ongewervelde dieren ontvangen extra energie wanneer ze rottende bladeren eten waar schimmels op groeien. Bananenslakken worden vaak waargenomen voeden met paddestoelen en andere schimmels, die ze lijken te prefereren ten opzichte van andere voedingsmiddelen