* genetische overerving: Darwin begreep het overervingmechanisme niet. Hij wist dat eigenschappen werden doorgegeven van ouders aan nakomelingen, maar hij wist niet hoe. Dit werd later uitgelegd door het werk van Gregor Mendel over genetica.

* DNA als drager van genetische informatie: Darwin was zich niet bewust van het bestaan ​​van DNA. De ontdekking van DNA als het molecuul dat verantwoordelijk is voor het dragen van genetische informatie kwam veel later.

* mutaties als de bron van variatie: Darwin herkende dat variaties bestonden binnen populaties, maar hij begreep niet hoe die variaties ontstonden. Mutaties, die veranderingen zijn in de DNA -sequentie, worden nu opgevat als de primaire bron van nieuwe variaties.

* Punctuated Equilibrium: Deze theorie, voorgesteld door Stephen Jay Gould en Niles Eldredge, suggereert dat evolutie plaatsvindt in uitbarstingen van snelle verandering afgewisseld met lange perioden van stabiliteit. Darwin's theorie daarentegen benadrukte geleidelijke verandering in de tijd.

Het is belangrijk om te onthouden dat de theorie van Darwin gebaseerd was op de kennis die in zijn tijd beschikbaar was. Naarmate de wetenschap vorderde, is ons begrip van evolutie geavanceerder geworden, met nieuwe principes en breidt zich uit over de oorspronkelijke ideeën van Darwin.