Zeer weinig bacteriën produceren endosporen. Slechts enkele van die soorten in de Firmicute phylum produceren endosporen, niet-reproductieve structuren die DNA en een deel van het cytoplasma bevatten. Endosporen zijn geen echte sporen omdat ze geen nakomelingen van de bacterie zijn. Endosporen worden gevormd wanneer bacteriën worden blootgesteld aan extreme of ongunstige omgevingscondities. Ze kunnen lange tijd overleven, zelfs wanneer ze uitgehongerd zijn van voedsel en wanneer ze worden blootgesteld aan chemicaliën en temperaturen die normaal de bacteriën zouden doden.
Bacillus Bacteriën

Bacteriën in het geslacht Bacillus zijn de meest bestudeerde van alle endospore- producerende bacteriën. Bacillus-bacteriën zijn divers en gedijen in veel verschillende omgevingen. De endosporen van deze bacterie zijn zeer giftig voor veel organismen, inclusief mensen. De ziekteverwekker Bacillus anthracis is een bekend toxine dat zowel door wetenschappers als terroristen is gebruikt. Er zijn echter veel andere soorten Bacillus.
Clostridium-bacteriën

Net als andere soorten endospore-producerende bacteriën zijn Clostridium-bacteriën grampositief, wat aangeeft dat ze vergelijkbare kenmerken hebben, zoals de celwandstructuur. Grampositieve bacteriën zijn gevoelig voor dezelfde of nauw verwante antibiotica. Bacteriën in het geslacht Clostridium zijn verantwoordelijk voor een breed scala aan menselijke ziekten, variërend van milde voedselvergiftiging tot botulisme, evenals tetanus en gasgangreen.
Desulfotomaculum Bacteriën

Vergelijkbaar met andere endospore producerende bacteriën, bacteriën in het geslacht Desulfotomaculum is ook verantwoordelijk voor voedselbederf en ziekte. Desulfotomaculum-bacteriën kunnen slecht ingeblikt voedsel bederven. Waar ze in overvloed aanwezig zijn, produceren ze een onaangename zwavelachtige geur.