Aquatische ecosystemen bestaan uit op elkaar inwerkende organismen die elkaar gebruiken en het water waarin ze in of nabij verblijven voor voedingsstoffen en beschutting. Aquatische ecosystemen zijn onderverdeeld in twee grote groepen: zee- of zoutwater en zoetwater, soms binnenland of niet-alkalisch genoemd. Elk van deze kan verder worden onderverdeeld, maar de mariene soorten zijn vaker gegroepeerd dan de zoetwaterecosystemen.
Het grootste ecosysteem

Oceanen zijn de grootste van de ecosystemen, die meer dan 70 procent van de aarde dekken oppervlakte. Het oceaanecosysteem is verdeeld in vier verschillende zones. De diepste zone van dit mariene ecosysteem, de abyssale zone, heeft koud, sterk onder druk staand water met veel zuurstof maar weinig voedingsstoffen. In deze zone zijn ribbels en openingen op de oceaanbodem die waterstofsulfide en mineralen uitstoten. Boven de afgrondzone bevindt zich de benthische zone, een voedingsstofrijke laag die zeewier, bacteriën, schimmels, sponzen, vissen en andere fauna bevat. Daarboven bevindt zich de pelagische zone, in wezen de open oceaan, met water met een breed temperatuurbereik, zeewieren aan de oppervlakte en vele vissoorten, evenals enkele zoogdieren. De getijdenzone, waar de oceaan samenkomt met land, is tijdens vloed bedekt met water en is tijdens eb terrestrisch, waardoor het unieke vegetatie en dierenleven ondersteunt.
Regenwouden van de zee

Koraalriffen bedekken slechts een kleine fractie van het aardoppervlak en slechts een iets groter percentage van de oceaanbodem, maar ondersteunen een groot aantal verschillende waterdieren. Rifbouwende koralen bestaan alleen in ondiepe subtropische en tropische wateren. De koralen herbergen fotosynthetiserende algen en halen het meeste van hun voedsel uit deze algen, waardoor voldoende groei mogelijk wordt om grote structuren te vormen die een waardevolle habitat vormen. Stijgende watertemperaturen en toenemende verzuring van water gekoppeld aan toename van koolstofdioxide zijn de grootste bedreigingen voor koraalriffen. Op lokaal niveau bedreigt overoogst van koraal en overbevissing riffen, net als invasieve soorten en vervuilde afvoer.
Kijken naar kustlijn

Net als koraalriffen worden estuaria soms gegroepeerd met oceanen om het mariene ecosysteem te vormen . Estuaria komen voor waar zout water uit de oceaan en zoet water dat uit rivieren of beken stroomt samenkomen, waardoor een unieke habitat wordt gecreëerd die is georiënteerd op water met een gevarieerde zoutconcentratie en hoge niveaus van voedingsstoffen heeft als gevolg van sedimenten die worden afgezet door rivieren of beken.
Meren en Vijvers

Meren en vijvers, waterlichamen met gevarieerde oppervlakten en volumes, worden ook wel lentische ecosystemen genoemd en worden gekenmerkt door een gebrek aan waterbeweging. Net als oceanen zijn meren en vijvers verdeeld in vier verschillende zones: kuststreek, limnetisch, profundaal en bentisch. Licht doordringt de bovenste hiervan, de kuststreek, die drijvende en bewortelde planten bevat. De andere zones spelen ook elk een unieke rol in het ecosysteem.
Stromend zoetwater

Rivieren, beken en kreken worden geclassificeerd als lotische ecosystemen. Deze ecosystemen worden gekenmerkt door stromend zoet water, dat zich naar een grotere rivier, meer of oceaan verplaatst en gedurende een deel of het hele jaar door aanwezig is. Vanwege de beweging van het water bevatten rivieren en beken de neiging meer zuurstof te bevatten dan hun lentische verwanten en hebben ze gastheersoorten die zijn aangepast aan het bewegende water.
Natte bodems en waterminnende planten

Wetlands zijn zoetwaterecosystemen gekenmerkt door de aanwezigheid van water, dat enkele voet diep kan zijn of eenvoudigweg de grond kan verzadigen, vaak met seizoensgebonden schommelingen. Bepaalde grondsoorten die bekend staan als waterbodems en die verschillen van andere bodems en plantensoorten die zijn aangepast aan natte omstandigheden, kenmerken ook wetlands. Wetlands zijn erg belangrijk bij het reguleren van het waterniveau, het filteren van water en het verbeteren van de waterkwaliteit, het verminderen van overstromingsgevaren en het bieden van waardevolle habitat voor planten en dieren.