Een gel wordt in dit proces gebruikt om het DNA vast te houden. De gel bestaat uit een stof genaamd agarose. De gel is gemaakt met kleine putjes in de bovenkant van de gelstructuur. Deze putten bevatten de DNA-segmenten.

DNA en fosfaat

De ruggengraat van het DNA bestaat uit een suikerfosfaatpatroon. Dit patroon loopt over de gehele lengte van het DNA. Vanwege het feit dat de fosfaatverbinding negatief is geladen en deze loopt over de gehele lengte van het DNA, is het DNA negatief geladen.

Elektrische lading

Elektrische stroom is geplaatst aan het ene uiteinde van de gel, met positieve elektroden aan de bovenkant van de gel - het dichtst bij de putjes met het DNA erin - en negatieve elektroden aan de onderkant. Vanwege het feit dat DNA negatief geladen is, zal het door de gel naar de bodem en de positieve elektroden bewegen. De gel zal weerstand bieden voor het DNA, dus het duurt langer om grotere strengen door de gel te laten gaan dan kortere strengen. Het proces wordt gestopt op een vooraf bepaalde tijd en waar het DNA zich ook in de gel bevindt, dat geeft een indicatie van hoe groot elk van de strengen was. Dit uiteindelijke beeld, na de elektroforese, is de "vingerafdruk" van het DNA.