Koperatomen worden in een massaspectrometer omgezet in positieve ionen via een proces dat elektronenionisatie wordt genoemd. Bij elektronenionisatie wordt een elektronenbundel met hoge energie op de koperatomen gericht, waardoor een of meer elektronen van de atomen worden afgestoten en ze een netto positieve lading achterlaten.

Het ionisatieproces kan worden weergegeven door de volgende vergelijking:

Cu(g) + e- ---> Cu+(g) + 2e-

In deze vergelijking vertegenwoordigt Cu(g) een neutraal koperatoom, vertegenwoordigt e- de elektronenbundel, vertegenwoordigt Cu+(g) een positief geladen koperion, en vertegenwoordigt 2e- de twee elektronen die bij ionisatie door het koperatoom worden geëmitteerd.

Het elektronenionisatieproces wordt doorgaans uitgevoerd in een vacuümkamer om te voorkomen dat de ionen in botsing komen met luchtmoleculen en hun lading verliezen. De positieve ionen die worden geproduceerd, worden vervolgens versneld door een elektrisch veld en in de massa-analysator gescheiden op basis van hun massa-ladingsverhouding.