BO3-3 is een boraation, dat een trigonale vlakke moleculaire geometrie heeft. Het booratoom is sp2-gehybridiseerd, waarbij drie gelijkwaardige sp2-hybride orbitalen sigma-bindingen vormen met de drie zuurstofatomen. De resterende p-orbitaal op het booratoom is leeg en staat loodrecht op het vlak van de drie zuurstofatomen.