De kristalstructuur van fluor is vlakgecentreerd kubisch (fcc). In een fcc-structuur is elk atoom omgeven door twaalf andere atomen, die een kubieke opstelling vormen. De fluoratomen zijn gerangschikt in een regelmatig, herhalend patroon, waarbij elk atoom een ​​specifieke positie binnen het kristalrooster inneemt. Deze structuur komt veel voor bij metalen, zoals aluminium, koper en nikkel, maar wordt doorgaans niet aangetroffen in niet-metalen elementen zoals fluor.