Dit is waarom:

* evolutionaire relaties: Eiwitten worden gecodeerd door genen en genen worden doorgegeven van ouders aan nakomelingen. Als twee soorten een zeer vergelijkbaar eiwit delen, betekent dit dat hun genen voor dat eiwit ook erg vergelijkbaar zijn. Dit suggereert sterk dat deze soorten het gen van een gemeenschappelijke voorouder hebben geërfd.

* Moleculaire homologie: De overeenkomsten in eiwitstructuur en functie worden moleculaire homologie genoemd. Dit is een krachtig hulpmiddel voor het begrijpen van evolutionaire relaties omdat het een tastbaar verband biedt tussen organismen op moleculair niveau.

* mutaties en tijd: Na verloop van tijd verzamelen mutaties zich in genen. Als twee soorten lang geleden afwijken van een gemeenschappelijke voorouder, zullen hun versies van het eiwit meer verschillen hebben verzameld als gevolg van onafhankelijke mutaties. Als ze onlangs uiteenlopen, zullen hun eiwitten meer op elkaar lijken.

Voorbeeld: Het eiwithemoglobine, dat zuurstof in bloed draagt, is zeer vergelijkbaar bij mensen en chimpansees. Dit is sterk bewijs dat mensen en chimpansees een recente gemeenschappelijke voorouder delen.