* mitochondria: Deze organellen, vaak de 'krachtpatsers van de cel' genoemd, hebben hun eigen DNA, genaamd mitochondriaal DNA (mtDNA). Dit circulaire DNA -molecuul is verantwoordelijk voor sommige mitochondriale functies.

* chloroplasten: Vergelijkbaar met mitochondria, bevatten deze organellen in plantencellen ook hun eigen cirkelvormige DNA -molecuul genaamd chloroplast -DNA (cpDNA). Het speelt een rol bij fotosynthese.

Het is belangrijk op te merken dat mtDNA en cpDNA niet zijn gevormd in de kern. Ze hebben hun eigen replicatiemachines en worden onafhankelijk geërfd van nucleair DNA.

Hoewel DNA voornamelijk wordt aangetroffen in de kern, zijn er andere locaties binnen eukaryotische cellen waar het ook kan worden gevonden:mitochondria en chloroplasten.