* mitochondria: Deze organellen, verantwoordelijk voor cellulaire ademhaling, hebben hun eigen DNA genaamd mitochondriaal DNA (mtDNA) . MtDNA is circulair en codeert voor eiwitten die betrokken zijn bij de mitochondriale functie.

* chloroplasten: In plantencellen hebben chloroplasten, die verantwoordelijk zijn voor fotosynthese, ook hun eigen DNA genaamd chloroplast DNA (cpDNA) . CpDNA is ook circulair en codert voor eiwitten die betrokken zijn bij fotosynthese.

Het is belangrijk om te onthouden dat deze organellen worden verondersteld afkomstig te zijn van vrijlevende bacteriën die miljarden jaren geleden door eukaryotische cellen zijn overspoeld. Ze behouden nog steeds hun eigen DNA, dat los staat van het nucleaire DNA.