Saprofeeën bevinden zich niet op een specifieke plaats, maar ze leven eerder op dode organische materie . Ze worden gevonden in verschillende omgevingen waar rottende materie aanwezig is, waaronder:

* bodem: Saprofytische schimmels en bacteriën zijn essentieel voor het ontbinden van dode bladeren, hout en andere organische stoffen in de bodem, waardoor voedingsstoffen naar het ecosysteem worden teruggebracht.

* Water: Saprofyten zijn te vinden in zowel zoetwater- als zoutwateromgevingen, waarbij dode planten en dieren worden afgebroken.

* Dode dieren: Saprofyten zijn cruciaal bij het afbreken van karkassen, het terugbrengen van voedingsstoffen naar het milieu en het voorkomen van verspreiding van ziekten.

* hout: Veel schimmels zijn saprofytische, ontbindende dode bomen en stammen, spelen een cruciale rol in bosecosystemen.

* compost: Saprophytes zijn overvloedig aanwezig in composthopen, waarbij ze voedselresten en ander biologisch afval actief ontbinden.

In wezen is er, overal, dode organische materie, saprofytes.