De classificatie van organismen evolueert echter voortdurend. De moderne wetenschappelijke classificatie is verwijderd van het gebruik van de term "Kingdom Monera" en plaatst nu prokaryoten in twee afzonderlijke domeinen:

* bacteriën: Bevat een breed scala aan eencellige organismen met verschillende metabole mogelijkheden.

* archaea: Inclusief eencellige organismen die vaak gedijen in extreme omgevingen zoals Hot Springs of zoute meren.

Dus, hoewel "Kingdom Monera" niet langer de voorkeursterm is, kun je het nog steeds beschouwen als een brede categorie die zowel bacteriën als archaea omvat.