Vacuolen zijn grote holtes of zakjes die worden aangetroffen in plantencellen, protozoa en diverse andere organismen. In plantencellen zijn vacuolen bijzonder prominent aanwezig en nemen vaak een groot deel van het celvolume in beslag. Het zijn membraangebonden compartimenten die betrokken zijn bij een reeks cellulaire functies, waaronder opslag, afvalverwerking en het behouden van de vorm en turgor van de cel. Plantencellen slaan bijvoorbeeld verschillende stoffen op, zoals water, minerale zouten, pigmenten en suikers in hun vacuolen. Protozoën en enkele andere micro-organismen hebben ook vacuolen die een rol spelen bij de opslag van voedingsstoffen, de spijsvertering en de osmoregulatie.