De anticodonsequentie van het tRNA moet complementair zijn aan de codonsequentie van het mRNA. Dit betekent dat de basen in het anticodon waterstofbruggen moeten kunnen vormen met de basen in het codon. Het anticodon UAC zou bijvoorbeeld kunnen binden aan het codon AUG, omdat de U in het anticodon waterstofbruggen zou vormen met de A in het codon, en de C in het anticodon waterstofbruggen zou vormen met de G in het codon.

Naast de anticodonsequentie speelt de algehele structuur van het tRNA-molecuul ook een rol bij het bepalen of het al dan niet aan een mRNA kan binden. Het tRNA-molecuul moet zich in een specifieke vorm kunnen vouwen waardoor het anticodon kan worden blootgesteld en toegankelijk is voor het mRNA. Deze vorm wordt bepaald door de interacties tussen de verschillende basen in het tRNA-molecuul, maar ook door de interacties tussen het tRNA-molecuul en andere eiwitten.

Tenslotte wordt de binding van een tRNA-molecuul aan een mRNA ook beïnvloed door de aanwezigheid van andere moleculen, zoals magnesiumionen en GTP. Deze moleculen helpen de interactie tussen het tRNA en het mRNA te stabiliseren en zorgen er ook voor dat het juiste tRNA-molecuul aan het mRNA wordt gebonden.