- Obligate anaëroben:deze organismen kunnen niet overleven in de aanwezigheid van zuurstof en gebruiken daarom geen zuurstof als laatste elektronenacceptor bij cellulaire ademhaling. In plaats daarvan gebruiken ze alternatieve elektronenacceptoren zoals sulfaat, nitraat of fumaraat. Voorbeelden van obligate anaëroben zijn onder meer sommige bacteriën en archaea.

- Facultatieve anaëroben:deze organismen kunnen schakelen tussen aërobe ademhaling (bij aanwezigheid van zuurstof) en anaërobe ademhaling (bij afwezigheid van zuurstof), afhankelijk van de beschikbaarheid van zuurstof. Als er zuurstof aanwezig is, gebruiken ze aerobe ademhaling, maar als het zuurstofniveau daalt, schakelen ze over op anaerobe ademhaling. Voorbeelden van facultatieve anaëroben zijn onder meer gist, sommige bacteriën en enkele parasitaire wormen.

- Aerotolerante anaëroben:deze organismen groeien normaal gesproken niet in de aanwezigheid van zuurstof, maar kunnen wel overleven of groeien in de aanwezigheid ervan. Ze gebruiken echter geen zuurstof als terminale elektronenacceptor bij de ademhaling; ze gebruiken alternatieve routes. Sommige aerotolerante anaëroben hebben mogelijk resterende enzymen voor de ademhaling, maar deze enzymen zijn niet actief onder aërobe omstandigheden. Voorbeelden hiervan zijn sommige bacteriën en schimmels.

- Microaerofielen:deze organismen hebben voor hun groei een lage zuurstofconcentratie nodig en kunnen de hoge zuurstofniveaus in de atmosfeer niet verdragen. Ze hebben gespecialiseerde enzymen en metabolische routes die het beste functioneren bij lage zuurstofniveaus. Voorbeelden hiervan zijn sommige bacteriën en bepaalde soorten archaea.

- Archaea:hoewel sommige archaea ademhaling uitvoeren met behulp van elektronentransportketens die vergelijkbaar zijn met die in andere organismen, gebruiken andere andere mechanismen om ATP te genereren. Sommige archaea gebruiken bijvoorbeeld alternatieve elektronendragers, terwijl andere unieke metabolische routes gebruiken, zoals methanogenese of acetogenese.