De afwezigheid van een nucleaire envelop in prokaryoten verhindert niet dat de cel de genexpressie controleert door RNA na transcriptie te modificeren. Prokaryoten beschikken over verschillende mechanismen voor het controleren van genexpressie op RNA-niveau, waaronder RNA-bewerking, RNA-stabiliteitscontrole en translatieregulatie. Riboswitches zijn bijvoorbeeld regulerende RNA-sequenties die kunnen binden aan kleine moleculen en de genexpressie kunnen controleren door de structuur van het RNA-molecuul te veranderen en de translatie ervan te beïnvloeden. Bovendien gebruiken CRISPR-Cas-systemen RNA-geleide nucleasen om RNA-moleculen te bewerken of te splitsen, wat een ander mechanisme biedt voor het controleren van genexpressie in prokaryoten.