Dit leidde tot het concept van dominante eigenschappen (hier, rond zaden) en recessieve eigenschappen (in dit geval gerimpelde zaden).

Dit impliceerde dat het fenotype van de planten (hoe de planten er eigenlijk uitzagen) geen strikte weerspiegeling van hun genotype
(de informatie die eigenlijk op de een of andere manier in de planten was gecodeerd en aan volgende generaties werd doorgegeven).

Mendel produceerde vervolgens enkele formele ideeën om dit fenomeen te verklaren, beide het mechanisme van erfelijkheid en de wiskundige verhouding van een dominante eigenschap tot een recessieve eigenschap in elke omstandigheid waar de samenstelling van allelparen bekend is.
Mendel's erfelijkheidstheorie

Mendel ontwikkelde een erfelijkheidstheorie die uit vier hypothesen bestond :

1. Genen
   (een gen dat de chemische code voor een bepaalde eigenschap is) kunnen in verschillende typen voorkomen.
   
2. Voor elke ch karakteristiek, een organisme erft één allel
   (versie van een gen) van elke ouder.
   
3. Wanneer twee verschillende allelen worden geërfd, kan de ene worden uitgedrukt terwijl de andere dat niet is.
   < li> Wanneer gameten (geslachtscellen, die bij mensen spermacellen en eicellen zijn) worden gevormd, worden de twee allelen van elk gen gescheiden.
   
   

   De laatste van deze vertegenwoordigt de wet van segregatie, die bepaalt dat de allelen voor elke eigenschap willekeurig in de gameten worden gescheiden.
   

   Wetenschappers erkennen tegenwoordig dat de P-planten die Mendel "waar" had gekweekt homozygoot
   waren voor de eigenschap die hij bestudeerde: ze hadden twee kopieën van hetzelfde allel in het gen in kwestie.
   

   Omdat ronde duidelijk dominant was over gerimpeld, kan dit worden weergegeven door RR en rr, aangezien hoofdletters dominantie betekenen en kleine letters recessieve eigenschappen aangeven. Wanneer beide allelen aanwezig zijn, werd de eigenschap van het dominante allel gemanifesteerd in zijn fenotype.
   De monohybride kruisresultaten verklaard
   

   Op basis van het voorgaande kan een plant met een genotype RR aan het zaadvormgen hebben alleen ronde zaden, en hetzelfde geldt voor het Rr-genotype, omdat het "r" -allel gemaskeerd is. Alleen planten met een rr-genotype kunnen gerimpelde zaden hebben.
   

   En ja hoor, de vier mogelijke combinaties van genotypen (RR, rR, Rr en rr) leveren een fenotypische verhouding van 3: 1 op, met ongeveer drie planten met ronde zaden voor elke plant met gerimpelde zaden.
   

   Omdat alle P-planten homozygoot waren, RR voor de ronde zaadplanten en rr voor de gerimpelde zaadplanten, konden alle F1-planten alleen het genotype hebben Rr. Dit betekende dat hoewel ze allemaal ronde zaden hadden, ze allemaal dragers waren van het recessieve allel, dat daarom in de volgende generaties kon verschijnen dankzij de wet van segregatie.
   

   Dit is precies wat er gebeurde. Gezien F1-planten die allemaal een Rr-genotype hadden, konden hun nakomelingen (de F2-planten) elk van de vier genotypen hierboven hebben. De verhoudingen waren niet precies 3: 1 vanwege de willekeur van de gamete-paren in de bevruchting, maar hoe meer nakomelingen er werden geproduceerd, hoe dichter de verhouding precies 3: 1 kwam te liggen.
   Mendel's Second Experiment
   

   Vervolgens maakte Mendel dihybride kruisen
   , waarin hij naar twee eigenschappen tegelijk keek in plaats van slechts één. De ouders waren nog steeds waar voor beide eigenschappen, bijvoorbeeld ronde zaden met groene peulen en gerimpelde zaden met gele peulen, met groen dominant over geel. De overeenkomstige genotypen waren daarom RRGG en rrgg.
   

   Zoals eerder zagen de F1-planten er allemaal uit als de ouder met beide dominante eigenschappen. De verhoudingen van de vier mogelijke fenotypes in de F2-generatie (rond-groen, rond-geel, gerimpeld-groen, gerimpeld-geel) bleken 9: 3: 3: 1 te zijn

   Dit droeg Mendel's vermoeden weg dat verschillende eigenschappen onafhankelijk van elkaar werden geërfd, wat hem ertoe bracht de wet van onafhankelijk assortiment te bepalen. Dit principe verklaart waarom je misschien dezelfde oogkleur hebt als een van je broers en zussen, maar een andere haarkleur; elke eigenschap wordt ingevoerd in het systeem op een manier die blind is voor alle anderen.
   Linked Genes on Chromosomes
   

   Vandaag weten we dat het echte plaatje iets gecompliceerder is, omdat in feite genen die toevallig dicht bij elkaar op chromosomen liggen, kunnen samen worden geërfd dankzij chromosoomuitwisseling tijdens gametevorming.
   

   Als je in de echte wereld naar beperkte geografische gebieden van de VS kijkt, zou je verwachten dat meer New York Yankees en Boston Red Sox-fans in de buurt dan Yankees-Los Angeles Dodgers-fans of Red Sox-Dodgers-fans in hetzelfde gebied, omdat Boston en New York dicht bij elkaar liggen en beide op bijna 3000 km van Los Angeles liggen.
   Mendelian Inheritance
   

   Trouwens, niet alle eigenschappen gehoorzamen dit patroon van erfenis. Maar degenen die dat wel doen, worden Mendeliaanse eigenschappen genoemd. Terugkerend naar het hierboven genoemde dihybride kruis, zijn er zestien mogelijke genotypen:
   

   RRGG, RRgG, RRGg, RRgg, RrGG, RrgG, RrGg, Rrgg, rRGG, rRgG, rRGg, rRgg, rrGG, rrGg, rrgG, rrgg
   

   Wanneer u de fenotypes uitwerkt, ziet u dat de waarschijnlijkheidsverhouding van
   

   rond groen, rond geel, gerimpeld groen, gerimpeld geel
   
   

   blijkt 9: 3: 3: 1 te zijn. Mendel's zorgvuldige telling van zijn verschillende plantentypes onthulde dat de verhoudingen dicht genoeg bij deze voorspelling lagen om voor hem te concluderen dat zijn hypothesen correct waren.
   
   

4. Opmerking: een genotype van rR is functioneel equivalent aan Rr. Het enige verschil is welke ouder welk allel bijdraagt aan de mix.