De filosoof Bertrand Russell zei: "Elk levend wezen is een soort imperialist, die probeert zoveel mogelijk van zijn omgeving in zichzelf te transformeren." Afgezien van metaforen is cellulaire ademhaling de formele manier waarop levende wezens dit uiteindelijk doen. Cellulaire ademhaling neemt stoffen uit de externe omgeving (lucht- en koolstofbronnen) en zet ze om in energie voor het bouwen van meer cellen en weefsels en voor het uitvoeren van levensonderhoudende activiteiten. Het genereert ook afvalproducten en water. Dit moet niet worden verward met "ademhaling" in de dagelijkse zin van het woord, wat meestal hetzelfde betekent als "ademhaling". Ademen is hoe organismen zuurstof verzamelen, maar dit is niet hetzelfde als het verwerken van zuurstof en ademhaling kan niet de koolstof leveren die ook nodig is voor de ademhaling; voeding zorgt hiervoor, althans bij dieren.

Cellulaire ademhaling komt voor bij zowel planten als dieren, maar niet bij prokaryoten (bijv. bacteriën), die mitochondria en andere organellen missen en dus geen gebruik kunnen maken van zuurstof, beperken tot glycolyse als energiebron. Planten worden misschien vaker geassocieerd met fotosynthese dan met ademhaling, maar fotosynthese is de bron van zuurstof voor de ademhaling van plantencellen, evenals een bron van zuurstof die de plant verlaat die door dieren kan worden gebruikt. Het ultieme bijproduct in beide gevallen is ATP of adenosinetrifosfaat, de primaire chemische energiedrager in levende wezens.
De vergelijking voor cellulaire ademhaling

Cellulaire ademhaling, vaak aerobe ademhaling genoemd, is de volledige afbraak van het glucosemolecuul in aanwezigheid van zuurstof om koolstofdioxide en water op te leveren:

C _{6H 12O 6 + 6O 2 + 38 ADP +38 P -> 6CO 2 + 6H 2O + 38 ATP + 420 Kcal}

Deze vergelijking heeft een oxidatiecomponent (C _{6H 12O 6 -> 6CO 2) , in wezen een verwijdering van elektronen in de vorm van waterstofatomen. Het heeft ook een reductiecomponent, 6O 2 -> 6H 2O, wat de toevoeging is van elektronen in de vorm van waterstof.}

Waar de vergelijking als geheel naar vertaalt is dat de energie in de chemische bindingen van de reactanten wordt gebruikt om adenosinedifosfaat (ADP) te verbinden met vrije fosforatomen (P) om adenosinetrifosfaat (ATP) te genereren.

Het proces als geheel omvat meerdere stappen: Glycolyse vindt plaats in het cytoplasma, gevolgd door de Krebs-cyclus en de elektronentransportketen in respectievelijk de mitochondriale matrix en op het mitochondriale membraan.
Het proces van glycolyse

De eerste stap in de afbraak van glucose in zowel planten als dieren is een reeks van 10 reacties die bekend staan als glycolyse. Glucose komt dierlijke cellen van buitenaf binnen via voedsel dat wordt afgebroken tot glucosemoleculen die in het bloed circuleren en worden opgenomen door weefsels waar energie het hardst nodig is (inclusief de hersenen). Planten daarentegen synthetiseren glucose door kooldioxide van buitenaf op te nemen en fotosynthese te gebruiken om de CO 2 in glucose om te zetten. Op dit punt, ongeacht hoe het daar is gekomen, is elke glucosemolecule toegewijd aan hetzelfde lot.

Vroeg in glycolyse wordt de zes-koolstof glucosemolecule gefosforyleerd om hem in de cel te vangen; fosfaten zijn negatief geladen en kunnen daarom niet door het celmembraan drijven zoals niet-polaire, ongeladen moleculen dat soms wel. Een tweede fosfaatmolecuul wordt toegevoegd, waardoor het molecuul onstabiel wordt en het wordt snel gesplitst in twee niet-identieke drie-koolstofverbindingen. Deze nemen snel de chemische vorm aan en worden in een reeks stappen herschikt om uiteindelijk twee moleculen pyruvaat op te leveren. Onderweg worden twee ATP-moleculen geconsumeerd (zij leveren de twee fosfaten die al vroeg aan glucose zijn toegevoegd) en vier worden geproduceerd, twee door elk drie-koolstofproces, om een netto van twee ATP-moleculen per glucosemolecuul op te leveren.

Bij bacteriën is glycolyse alleen voldoende voor de energiebehoefte van de cel - en dus van het hele organisme. Maar bij planten en dieren is dat niet het geval, en met pyruvaat is het uiteindelijke lot van glucose nauwelijks begonnen. Opgemerkt moet worden dat glycolyse zelf geen zuurstof vereist, maar zuurstof wordt over het algemeen opgenomen in discussies over aerobe ademhaling en dus cellulaire ademhaling omdat het nodig is om pyruvaat te synthetiseren.
Mitochondria versus chloroplasten

Een veel voorkomende misvatting onder biologieliefhebbers is dat chloroplasten dezelfde functie vervullen in planten als mitochondriën in dieren, en dat elk type organisme slechts het ene of het andere heeft. Dit is niet zo. Planten hebben zowel chloroplasten als mitochondriën, terwijl dieren alleen mitochondriën hebben. Planten gebruiken chloroplasten als generatoren - ze gebruiken een kleine koolstofbron (CO 2) om een grotere (glucose) te bouwen. Dierencellen krijgen hun glucose door macromoleculen zoals koolhydraten, eiwitten en vetten af te breken en hoeven dus geen glucose van binnenuit aan te maken. Dit lijkt misschien vreemd en inefficiënt in het geval van planten, maar planten hebben een kenmerk ontwikkeld dat dieren niet hebben: het vermogen om zonlicht te benutten voor direct gebruik in metabole functies. Hierdoor kunnen planten letterlijk hun eigen voedsel maken.

Men denkt dat Mitochondria honderden miljoenen jaren geleden een soort vrijstaande bacteriën was, een theorie die wordt ondersteund door hun opmerkelijke structurele gelijkenis met bacteriën en hun metabolische machinerie en de aanwezigheid van hun eigen DNA en organellen genaamd ribosomen. Eukaryoten ontstonden voor het eerst meer dan een miljard jaar geleden, toen de ene cel erin slaagde een andere te overspoelen (de endosymbiont-hypothese), wat leidde tot een regeling die zeer gunstig was voor de engulfer in deze opstelling vanwege uitgebreide energieproducerende mogelijkheden. Mitochondria bestaan uit een dubbel plasmamembraan, zoals cellen zelf; het binnenste membraan omvat plooien die cristae worden genoemd. Het interne gedeelte van mitochondria staat bekend als de matrix en is analoog aan het cytoplasma van hele cellen.

Chloroplasten, zoals mitochondria, hebben buiten- en binnenmembranen en hun eigen DNA. Binnen de ruimte omsloten door een binnenmembraan ligt een assortiment van onderling verbonden, gelaagde en met vloeistof gevulde membraneuze zakjes genaamd thylakoïden. Elke "stapel" thylakoïden vormt een granum (meervoud: grana). De vloeistof in het binnenmembraan dat de grana omringt, wordt stroma genoemd.

Chloroplasten bevatten een pigment dat chlorofyl wordt genoemd en dat planten hun groene kleur geeft en dient als een verzamelaar van zonlicht voor fotosynthese. De vergelijking voor fotosynthese is precies het omgekeerde van die van cellulaire ademhaling, maar de individuele stappen om van kooldioxide naar glucose te komen, lijken op geen enkele manier op de omgekeerde reacties van de elektronentransportketen, de Krebs-cyclus en glycolyse.
De Krebs-cyclus

In dit proces, ook wel de tricarbonzuurcyclus (TCA) of de citroenzuurcyclus genoemd, worden pyruvaatmoleculen eerst omgezet in twee-koolstofmoleculen genaamd acetylco-enzym A (acetyl CoA). Hierdoor komt een molecule CO <2 vrij. Acetyl CoA-moleculen komen vervolgens in de mitochondriale matrix, waar elk van hen combineert met een vier-koolstofmolecuul oxaloacetaat om citroenzuur te vormen. Dus als u zorgvuldig boekhoudt, resulteert één molecuul glucose in twee moleculen citroenzuur aan het begin van de Krebs-cyclus.

Citroenzuur, een zes-koolstofmolecuul, wordt herschikt in isocitraat en vervolgens een koolstofatoom wordt verwijderd om ketoglutaraat te vormen, waarbij een CO 2 de cyclus verlaat. Ketoglutaraat wordt op zijn beurt ontdaan van een ander koolstofatoom, waarbij een ander CO 2 en succinaat wordt gevormd en ook een molecuul ATP wordt gevormd. Van daaruit wordt het vier-koolstofsuccinaatmolecuul achtereenvolgens omgezet in fumaraat, malaat en oxaloacetaat. Bij deze reacties worden waterstofionen uit deze moleculen verwijderd en op hoog-energetische elektronendragers NAD + en FAD + gekleefd om respectievelijk NADH en FADH _{2 te vormen, wat in wezen vermomde energiecreatie is, zoals u snel zult zien. Aan het einde van de Krebs-cyclus heeft het oorspronkelijke glucosemolecuul aanleiding gegeven tot 10 NADH en twee FADH 2-moleculen.}

De reacties van de Krebs-cyclus produceren slechts twee ATP-moleculen per origineel glucosemolecuul, één voor elke "draai" van de cyclus. Dit betekent dat naast de twee ATP geproduceerd in glycolyse, na de Krebs-cyclus, het resultaat in totaal vier ATP is. Maar de echte resultaten van aerobe ademhaling moeten zich in dit stadium nog ontvouwen.
De elektronentransportketen

De elektronentransportketen, die optreedt op de cristae van het binnenste mitochondriale membraan, is de eerste stap in de cellulaire ademhaling die expliciet afhankelijk is van zuurstof. De NADH en FADH _{2 geproduceerd in de Krebs-cyclus staan nu klaar om op een belangrijke manier bij te dragen aan de energieafgifte.}

De manier waarop dit gebeurt is dat de waterstofionen opgeslagen op deze elektronendragermoleculen (een waterstof ion kan, voor de huidige doeleinden, worden beschouwd als een elektronenpaar in termen van zijn bijdrage aan dit deel van de ademhaling) worden gebruikt om een chemiosmotische gradiënt te creëren. Je hebt misschien gehoord van een concentratiegradiënt, waarin moleculen van gebieden met een hogere concentratie naar gebieden met een lagere concentratie stromen, zoals een kubus van suiker die in water oplost en de suikerdeeltjes overal verspreid raken. In een chemiosmotische gradiënt worden de elektronen van NADH en FADH 2 echter doorgelaten door proteïnen ingebed in het membraan en die dienen als elektronenoverdrachtssystemen. De energie die vrijkomt bij dit proces wordt gebruikt om waterstofionen door het membraan te pompen en er een concentratiegradiënt over te creëren. Dit leidt tot een netto stroom van waterstofatomen in één richting, en deze stroom wordt gebruikt om een enzym genaamd ATP-synthase aan te drijven, waardoor ATP uit ADP en P. Denk aan de elektrontransportketen als iets dat een groot gewicht aan water achterlaat een waterrad, waarvan de opeenvolgende rotatie wordt gebruikt om dingen te bouwen.

Dit is overigens niet hetzelfde proces dat in chloroplasten wordt gebruikt om glucosesynthese aan te drijven. De energiebron voor het creëren van een gradiënt over het chloroplastmembraan is in dit geval niet NADH en FADH _{2, maar zonlicht. De daaropvolgende stroom van waterstofionen in de richting van lagere H + ionenconcentratie wordt gebruikt om de synthese van grotere koolstofmoleculen uit kleinere te voeden, beginnend met CO 2 en eindigend met C 6H 12O 6.}

De energie die uit de chemiosmotische gradiënt stroomt, wordt niet alleen gebruikt voor de productie van ATP, maar ook voor andere vitale cellulaire processen, zoals eiwitsynthese. Als de elektrontransportketen wordt onderbroken (zoals bij langdurige zuurstofgebrek), kan deze protongradiënt niet worden gehandhaafd en stopt de productie van cellulaire energie, net zoals een waterrad stopt met stromen wanneer het water eromheen geen druk-stroomgradiënt meer heeft.

Omdat van elk NADH-molecuul experimenteel is aangetoond dat het ongeveer drie moleculen ATP produceert en elke FADH _{2 twee ATP-moleculen produceert, is de totale energie die vrijkomt door de elektrontransportketenreactie (verwijzend naar de vorige sectie) 10 keer 3 (voor NADH) plus 2 keer 2 (voor FADH 2) voor een totaal van 34 ATP. Voeg dit toe aan de 2 ATP uit glycolyse en de 2 uit de Krebs-cyclus, en dit is waar de 38 ATP-figuur in de vergelijking voor aerobe ademhaling vandaan komt.}