Antibiotica worden doorgaans niet gebruikt om appels tegen bacterievuur te beschermen. In plaats daarvan kunnen bactericiden zoals streptomycine of oxytetracycline worden gebruikt. Er bestaat een risico dat deze verbindingen microben in het microbioom van de boom vernietigen. Er is echter meer onderzoek nodig om de volledige impact van bactericiden op het appelmicrobioom te begrijpen.