Het inheemse Australische knaagdier Pseudomys fumeus, rokerige muis genoemd vanwege zijn kleur, vocht al tegen uitsterven toen het bosbrandseizoen 2019-2020 toesloeg.

De Black Summer-bosbranden, die meer dan 24 miljoen hectare in brand hebben gestoken, hebben mogelijk naar schatting 1 miljard dieren gedood en meer dan 100 bedreigde diersoorten in gevaar gebracht. De branden vernietigden ook meer dan 90% van het leefgebied van de rokerige muis, waarbij negen muizen zelfs stierven in een kweekcentrum in gevangenschap in de buurt van Canberra door het inademen van bosbrandrook.

Maar niet alles is verloren:een nieuw gesequenced referentiegenoom zal nu de voortdurende inspanningen voor het behoud van deze inheemse Australische soort helpen.

Kostbare muizenzakken

We hebben sinds 1987 geen wilde rokerige muizen meer gezien in het Australische Hoofdstedelijk Territorium. In Victoria komt de soort alleen voor in de Grampians, de Centrale Hooglanden en de Alpenregio's, en in New South Wales in de Alpenregio's van Kosciuszko National Park en zuidoostelijke bossen in de buurt van Nullica.

In 2006 werd een actief herstelplan voor de muis opgesteld. Als onderdeel hiervan begonnen natuurbeschermers twee populaties in gevangenschap, met uitzettingen in zuidoostelijke bossen bij Nullica, en een roofdierbestendig reservaat in de ACT.

Deze kleine inheemse muizen zijn meer dan schattig, ongeveer twee keer zo groot als de geïntroduceerde huismuis (Mus musculus). Hun houtskoolbont is zacht en zijdeachtig en ze ruiken ook erg lekker. Vooral mannen ruiken een beetje naar rokerige verbrande vanille; deze dieren hebben een lief, rustig karakter.

In de afgelopen 12 maanden heeft een team van het Museums Victoria Research Institute onderzoeken uitgevoerd om te zoeken naar overlevende delen van de bedreigde muizenpopulatie met het oog op toekomstige herintroductie-inspanningen van in gevangenschap gefokte muizen.

Om deze voortdurende inspanningen op het gebied van natuurbehoud te ondersteunen, heeft DNA Zoo van de University of Western Australia samengewerkt met Kevin Rowe, Senior Curator of Mammals van Museums Victoria, om de sequentie van een 's werelds eerste volledige chromosoomlengte-referentiegenoom voor het dier te bepalen.

Beschermen wat we hebben

We kunnen dit referentiegenoom nu gebruiken om de conserveringsstrategie te informeren. Onderzoekers zullen 70 individuele rokerige muis-DNA-sequenties in kaart brengen uit het hele leefgebied van het dier - in de Grampians in het westen van Victoria tot het zuidoosten van New South Whales.

Het vergroten van ons begrip van levende dieren in het wild en het verantwoord omgaan met beschikbare hulpbronnen behoren tot de meest cruciale wetenschappelijke en sociale uitdagingen waarmee we vandaag worden geconfronteerd.

Ondanks grote technologische vooruitgang, is er veel dat we niet weten over de inheemse biodiversiteit van Australië. Tegelijkertijd wordt het steeds meer bedreigd door bosbranden, klimaatverandering, vernietiging van leefgebieden, uitbuiting van soorten en andere menselijke activiteiten.

Gelukkig kunnen we genomics gebruiken om een ​​geïnformeerde instandhoudingsstrategie te formuleren. Dat komt omdat het bemonsteren van genomische diversiteit ons een basisbegrip kan geven van hoe goed de soort het doet (wat biologen 'populatiefitness' noemen). Met die kennis in de hand kunnen we conserveringsprogramma's beter ontwerpen.

Bij bedreigde soorten met sterk verminderde populaties kunnen we bijvoorbeeld inteelt vermijden als we genomische gegevens gebruiken om fokprogramma's te ontwerpen. Op die manier hebben de dieren minder genen die leiden tot vroegtijdige sterfte en hebben ze een verhoogde ziekteresistentie.

De genetische blauwdrukken raadplegen

Het verkrijgen van de genetische blauwdrukken voor Australische dieren in het wild zal een krachtige bron van ontdekking creëren voor het verbeteren en vergroten van ecosysteemdiensten. Een goed ontworpen monitoringkader is cruciaal voor het succes van natuurbehoudprogramma's.

Als onderdeel van het herstelplan voor de rokerige muis hebben we DNA-sequenties van individuen in de Grampians, evenals historische monsters die teruggaan tot 1934 van uitgestorven populaties in de Otways en het Verre Oosten Gippsland.

De monsters van Grampians zijn van bijzonder belang. Dat komt omdat deze populatie het meest geïsoleerd is, ongeveer 350 kilometer verwijderd van de dichtstbijzijnde bekende populatie in de Yarra Ranges van de Centrale Hooglanden.

Sinds 2012 hebben musea Victoria en partners monsters gevangen, gemarkeerd en verzameld - oorbiopten en poeppellets, die geen van beide schadelijk zijn voor de dieren - van meer dan 200 rokerige muizen in de Grampians. Dankzij dit werk hebben we nu de meest talrijke en continue registratie van de soort in Victoria.

Bovendien hebben vangst- en natuurcamera-onderzoeken op meer dan 100 locaties populaties van rokerige muizen aan het licht gebracht die gelokaliseerd zijn in twee gebieden op minder dan 10 km van respectievelijk de Victoria Range en Mt William Range.

Onderzoekers zullen nu op zoek gaan naar genetische aanwijzingen over hoe deze dieren standhielden ondanks droogte, invasieve roofdieren en aanzienlijke branden.

Wat bemoedigend is, is hoe krachtige technologie - zoals genoomsequencing, bio-informatica en meer gecombineerd - ons nu helpt de biodiversiteit te begrijpen en te behouden. Voor het eerst in de geschiedenis kunnen we de genomen van onze unieke inheemse Australische soort versnellen en efficiënt sequencen. + Verder verkennen

Dood door ironie:het mysterie van de muis die stierf door het inademen van rook, maar niet in de buurt van een vuur kwam

Dit artikel is opnieuw gepubliceerd vanuit The Conversation onder een Creative Commons-licentie. Lees het originele artikel.