Het jaar is 2347. De aarde, verwoest door klimaatverandering en overbevolking, is een schaal van zijn vroegere zelf. De mensheid heeft de sterren aangevoerd en kolonies gevestigd op verre, bewoonbare planeten. Een dergelijke kolonie, genesteld op de Emerald Plains of Kepler-186f, wordt Eden genoemd.

Een jong meisje genaamd Lyra, geboren en getogen op Eden, verlangt naar een leven dat verder gaat dan de grenzen van haar door koepel bedekte stad. Ze droomt van de enorme, ongetemde wildernis die zich uitstrekt voorbij het glinsterende krachtveld, een plek fluisterde over in gedempte tonen als een rijk van mythische wezens en vergeten technologieën.

Lyra's grootvader, een gerenommeerde botanicus, had een passie voor de vergeten wereld voorbij de koepel. Hij vertelde haar verhalen over levendige, lichtgevende flora, van wezens die zongen in de schemering, en van de oude, kristallijne structuren die zogenaamd de sleutel hadden tot de vergeten geschiedenis van de aarde.

Op een dag ontdekt Lyra een verborgen doorgang onder de workshop van haar grootvader. Het leidt tot een tunnelsysteem dat diep in de aarde is begraven, een die haar grootvader had doorgebracht met studeren. De tunnel eindigt in een kamer, baadde in een zacht, buitenaards licht. In het midden, gelegen op een voetstuk, zit een glinsterende kristallen bol.

Gedreven door een dorst naar avontuur en het verlangen om de waarheid achter het onderzoek van haar grootvader te ontdekken, raakt Lyra de sfeer. De kamer trilt, de kristalpulsen en een golf van energie spoelen over haar. Wanneer het licht afneemt, bevindt ze zich op een plek in tegenstelling tot alles wat ze ooit heeft gezien.

De lucht is zwaar met de geur van exotische bloemen, en de lucht is een tapijt van levendige kleuren. Wezens met iriserende vleugels flitsen door de lucht en torenhoge bomen neuriën met een vage, ritmische beat. Lyra struikelt op een verwoeste stad, de structuren opgebouwd uit hetzelfde kristallijne materiaal als de bol.

Dit, realiseert ze zich, is de echte Eden, een wereld waar wetenschap en magie met elkaar verweven zijn. Ze leert dat de oude mensen die deze stad hebben gebouwd de kracht van de kristallen gebruikten om een ​​harmonieuze coëxistentie tussen technologie en natuur te creëren. Maar iets, ze weet nog niet wat, leidde tot hun ondergang.

Terwijl Lyra deze vergeten wereld verkent, ontdekt ze de geheimen van het verleden en het verborgen potentieel van de kristallen. Maar ze wordt ook geconfronteerd met gevaren die op de loer liggen in de schaduw, wezens die proberen de kristallen te exploiteren voor hun eigen snode doeleinden.

Gewapend met de kennis van haar grootvader en haar eigen nieuwe moed, moet Lyra door deze vreemde, mooie wereld navigeren, de mysteries van het verleden ontrafelen en vechten voor een toekomst waarin wetenschap en verbeelding naast elkaar kunnen bestaan, net als in de Eden die ze nu naar huis roept.