1. Hogere resolutie. Elektronenmicroscopen kunnen veel hogere resoluties bereiken dan optische microscopen, waardoor wetenschappers veel kleinere objecten kunnen zien. Dit komt omdat elektronen een veel kortere golflengte hebben dan lichtgolven, zodat ze kunnen worden gebruikt om afbeeldingen met kleinere pixels te maken.

2. 3D-beelden. Elektronenmicroscopen kunnen worden gebruikt om 3D-beelden van objecten te maken, waardoor een gedetailleerder inzicht in hun structuur kan worden verkregen. Dit komt omdat elektronen dieper in objecten kunnen doordringen dan lichtgolven, zodat ze kunnen worden gebruikt om informatie uit een grotere hoeveelheid materiaal te verzamelen.