Ciprofloxacine is een slecht in water oplosbaar geneesmiddel. Het is vrijwel onoplosbaar in water, matig oplosbaar in methanol en ethanol, en zeer slecht oplosbaar in methyleenchloride. De oplosbaarheid is sterk afhankelijk van de pH van de oplossing, met een maximale oplosbaarheid bij pH 4-6. Dit komt omdat ciprofloxacine een zwitterion is, wat betekent dat het zowel een positieve als een negatieve lading bevat. Bij een lage pH wordt de positieve lading van de aminegroep geprotoneerd, waardoor het molecuul beter oplosbaar wordt in water.

HCl wordt gebruikt om ciprofloxacinepoeder op te lossen, omdat het de pH van de oplossing verlaagt, waardoor de oplosbaarheid van het medicijn toeneemt. Het HCl reageert met het water en vormt hydroniumionen (H3O+), die vervolgens de aminegroep van ciprofloxacine protoneren. Dit resulteert in de vorming van ciprofloxacinehydrochloride, dat beter oplosbaar is in water dan de vrije basevorm van het medicijn.

De hoeveelheid HCl die nodig is om ciprofloxacinepoeder op te lossen, zal afhangen van de gewenste concentratie van de geneesmiddeloplossing. Om bijvoorbeeld een oplossing van 10 mg/ml ciprofloxacine te bereiden, is ongeveer 1,5 ml 1 N HCl per gram ciprofloxacinepoeder nodig.