Bacteriën reproduceren zich via een proces dat binaire splijting wordt genoemd, waarbij een enkele cel zich deelt in twee identieke dochtercellen. Binaire splitsing is een vorm van aseksuele voortplanting, wat betekent dat er geen sprake is van de fusie van gameten (geslachtscellen).

Het proces van binaire splitsing begint met de replicatie van het bacteriële chromosoom. De gerepliceerde chromosomen worden vervolgens aan het celmembraan gehecht. Het celmembraan knelt dan in het midden, waardoor de cel in twee dochtercellen wordt verdeeld. Elke dochtercel ontvangt een van de gerepliceerde chromosomen.

Binaire splijting is een zeer efficiënte manier voor bacteriën om zich voort te planten. Hierdoor kunnen ze hun aantal snel vergroten, zelfs in moeilijke omstandigheden. Sommige bacteriën kunnen zich elke twintig minuten voortplanten door binaire splitsing.

Naast binaire splijting kunnen sommige bacteriën zich ook voortplanten via een proces dat sporulatie wordt genoemd. Sporulatie vindt plaats wanneer een bacterie een spore produceert, een slapende cel die zware omstandigheden kan overleven. Wanneer de omstandigheden verbeteren, kan de sporen ontkiemen en uitgroeien tot een nieuwe bacterie.