Het molecuul PO4 3− heeft vier zuurstofatomen die een centraal fosforatoom omringen, met een negatieve lading van 3. De elektronegativiteit van zuurstof is 3,44, terwijl die van fosfor 2,19 is. Dit verschil in elektronegativiteit zorgt ervoor dat de elektronen ongelijk verdeeld worden, wat resulteert in polaire bindingen tussen de fosfor- en zuurstofatomen. De geometrie van het molecuul is tetraëdrisch, waarbij de vier zuurstofatomen op de hoeken van een tetraëder zijn gerangschikt. Het fosforatoom bevindt zich in het midden van de tetraëder. De polaire bindingen tussen de fosfor- en zuurstofatomen creëren een netto negatieve lading op het molecuul, waardoor het polair wordt.