1. Fylogenetische classificatie (gebaseerd op evolutionaire relaties):

* 16S rRNA -gensequencing: Deze methode vergelijkt de sequenties van het 16S ribosomale RNA -gen, een sterk geconserveerd gen dat aanwezig is in alle levende organismen. Verschillen in de gensequentie onthullen evolutionaire relaties tussen Archaea.

* Andere moleculaire markers: Wetenschappers gebruiken ook andere genen, zoals die betrokken bij het energiemetabolisme, om de classificatie verder te verfijnen.

2. Metabole classificatie (gebaseerd op energiebronnen en metabolisme):

* methanogenen: Produceer methaan als bijproduct van hun metabolisme en worden gevonden in anaërobe omgevingen.

* halofielen: Gedijen in zeer zoute omgevingen zoals zoutmeren en zoutflats.

* thermofielen: Overleef in extreem hete omgevingen zoals warmwaterbronnen en hydrothermische ventilatieopeningen.

* acidofielen: Geef de voorkeur aan zure omgevingen.

* alkalofielen: Gedijen in alkalische omgevingen.

3. Cellulaire kenmerken:

* Celwandsamenstelling: Archaea heeft unieke celwanden die verschillen van die van bacteriën. Sommige archaea hebben celwanden samengesteld uit pseudopeptidoglycan of hebben zelfs volledig celwanden.

* membraanlipiden: Archaea bezit unieke membraanlipiden die verschillen van die van bacteriën en eukaryoten.

4. Omgevingsfactoren:

* Habitat: Archaea bevindt zich in een breed scala aan omgevingen, waaronder extreme omgevingen zoals warmwaterbronnen, zoutmeren en ventilatieopeningen van diepzee.

Het huidige classificatiesysteem voor Archaea herkent twee hoofdfyla:

* Euryarchaeota: Inclusief methanogenen, halofielen en thermofielen.

* Crenarchaeota: Bevat veel thermofielen en acidofielen.

Andere kleinere phyla zijn ook geïdentificeerd, waaronder:

* Thaumarchaeota

* nanoarchaeota

* Korarchaeota

* Aigarchaeota

De classificatie van Archaea evolueert voortdurend naarmate nieuwe soorten worden ontdekt en nieuwe informatie wordt verkregen over hun evolutionaire relaties en metabole mogelijkheden.

Opmerking: De term "archaebacteriën" is verouderd en wordt niet langer gebruikt door wetenschappers. De juiste term is archaea .