Dit is waarom:

* gram-positieve bacteriën Heb een dikke peptidoglycan -laag in hun celwand. Deze laag valt de kristalviolette kleurstof vast die wordt gebruikt in het kleurproces, waardoor de bacteriën paars lijken.

* gram-negatieve bacteriën Heb een dunnere peptidoglycan -laag en een buitenmembraan. De dunnere peptidoglycan -laag behoudt de kristalviolette kleurstof niet ook, dus deze wordt weggespoeld tijdens de ontkleuringsstap. Deze bacteriën nemen echter de tegenblik op (Safranin), waardoor ze roze lijken.

Daarom onderscheidt de gramkleurtechniek bacteriën op basis van hun celwandstructuur, met name de dikte van de peptidoglycan -laag.