1. Sugar: DNA bevat deoxyribosesuiker, terwijl RNA ribosesuiker bevat. Het verschil ligt in aanwezigheid van een hydroxylgroep (-OH) op de 2 'koolstof van ribose, die afwezig is in deoxyribose. Dit subtiele verschil beïnvloedt de stabiliteit en reactiviteit van het molecuul.

2. stikstofbases: Zowel DNA als RNA bevatten adenine (A), guanine (G) en cytosine (C). DNA bevat echter thymine (T), terwijl RNA in plaats daarvan uracil (u) bevat. Uracil mist een methylgroep aanwezig in thymine.

3. Structuur: DNA is een dubbelstrengige helix, met twee anti-parallelle strengen bij elkaar gehouden door waterstofbruggen tussen complementaire basenparen (A-T en G-C). RNA is typisch enkelstrengs, hoewel het in complexe driedimensionale structuren kan worden opgevouwen als gevolg van intramoleculaire basisparen.

Deze verschillen in structuur leiden tot hun verschillende rollen in de cel:DNA dient als de genetische blauwdruk, terwijl RNA verschillende rollen speelt in genexpressie, zoals het dragen van genetische informatie van DNA naar ribosomen voor eiwitsynthese.