Het zweepachtige orgel zelf wordt een flagellum genoemd (meervoud:flagella). Deze structuur is een lange, dunne projectie die zich uitstrekt van de cel en ritmisch verslaat, waardoor de protozoa door zijn omgeving wordt voortgestuwd.

Enkele voorbeelden van flagellaten zijn:

* Euglena: Een gemeenschappelijke zoetwater flagellate die zijn flagellum gebruikt om te zwemmen en ook chloroplasten bevat voor fotosynthese.

* trypanosoma: Een parasitaire flagellate die ziekten veroorzaakt zoals Afrikaanse trypanosomiasis (slaapziekte).

* Giardia: Een ander parasitaire flagellaat dat giardiasis veroorzaakt, een darminfectie.

Dus als je hoort over een protozoa die beweegt met een zweep, weet je dat het een flagellate is!